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葦津珍彦「神社本廳誕生の性格と將來への展望」『肇国』10(8/9, 10)、1948年によれば、葦津は本庁が宮司任命、懲戒、階位を決める中央集権制には批判的だったようです。現在の神社本庁は葦津の理想とは異なるように思います。
『神社本庁十年史』によれば、神社本庁の名称は、神祇庁や神祇本庁などの変遷を経て、皇典研究所の吉田茂（首相とは別人）が提案したようです。文部省が官庁と紛らわしいと述べていたとされるので、最初から官庁として人々が誤解するように付けた可能性もありそうです。