私は「バクマン。」という漫画に一時期はまっていたし、漫画家先生の仕事の流れは大体想像出来ますけど、普通マンガの打合せってネームでやるイメージですよね。

そこからペン入れって時間的にも体力的にも一番大変な作業ですよね。
小林先生は「ジャンプ」「マガジン」「サンデー」など色々な雑誌を経験されてます。

集英社・講談社・小学館・幻冬舎などと比べて、扶桑社のやり方はかなり特殊だということですね。
私はサラリーマンの人生が長いので、自分で判断出来ないことは「持ち帰って上司に相談します」は分かりますが、過酷なペン入れ作業が全て終了してから、「原稿描き直してくれ」はあまりに理不尽じゃないですか？

せめて持ち帰って次の日には結論出すとか、「判断を保留にさせてください」とか、何かないんでしょうか。
これ、編集の仕事としてどうなんでしょうか？あまりに酷すぎませんか？
例えば印刷会社に20万部のSPA!を刷らせて、製本・梱包・発送までした後に、「あのページ差し替えてくれ」とかやるんでしょうか？
印刷会社が20万部も刷り直ししたら、40万部として扶桑社に金額を請求するに決まっていますよ。
紙代やインク代、発送費を考えれば100％請求します。こういうことで、印刷会社が泣き寝入っていたら印刷会社は倒産しますよ。

簡単に言えば、扶桑社は小林先生のことをナメているんですよ。
小林先生は今後、ペン入れ原稿終了後の描き直しは、扶桑社に別途費用請求するべきだと思います。
小林先生は嫌いな考え方かもしれませんが、私ならさらにそれを契約書にすることも検討します。