私も万年肩こりしていて、肩こりが酷いと頭痛がし、終いには気持ち悪くなります。肩こりは姿勢の悪さもあると思うので、なるべく意識して背筋を伸ばして座ることをお勧めします。(これにより若干身長も伸びましたよ。座高が高くなっただけかもしれませんが(笑))
また、血行の悪さも原因になってると思うので、首や肩周りを温めることもお勧めします。お風呂にしっかり浸かることも大事です。
肩を回すこともいいと思いますし、ラジオ体操第一をすると肩こりも少しは楽になったような気がします。ラジオ体操は出来れば朝やると１日そこまで痛くならないような気がします。
首の後ろで手を組み、頭を前に倒すのも首や肩辺りの筋肉が伸ばされ、いいかもしれません。頭の位置を左や右に傾けると筋が伸びてると実感できるかも？やりすぎで余計に痛めないように気を付ける必要がありますが。

お尻の筋肉は痛くなったことがないのでアドバイス出来ませんが、座り続けた結果なんでしょうか？時たま足をぶらぶらさせたり、途中立ったりして、同じ姿勢でいないようにした方がいいのではないでしょうか？