ニワトリ族ファーリィのトベル、モダンタイムズの少女アリエッテ、没落アンティークのニュート。
3人は、かつて命を救ってくれたキャプテン・ダイブイーグルの元で、
イーグル空賊団の一員として暮らしていた。

そんなある日、ヴィクトリアシティ艦隊の待ち伏せに遭あった空賊団は
無数の稲妻が轟く雷雲の中に活路を見出す。
3人の活躍により、辛くも追手を振り切ったイーグル空賊団だったが
その代償は大きかった。

空賊団を率い、みなの心の支えとなっていたキャプテン・ダイブイーグルが
雷雲の中、稲妻を飛空艇に落とさせないために、自らが避雷針となって
黒雲の彼方に飛び立ってゆき、そしてついには戻らなかったのだ……。