東京湾に浮かぶ人工島 「極東法令外特別地区」――通称“24区”。 そこで生まれ育ったシュウタ、ラン、コウキは、 家柄も趣味も性格も違うが、いつもつるんでいる幼馴染だった。 しかし彼らの関係は、とある事件をきっかけに大きく変わってしまう。 事件の一周年追悼ミサで、偶然再会を果たした3人の電話が突如一斉に鳴る。 それは死んだはずの仲間からの着信で、彼らに“未来の選択”を迫るものであった。 3人は、自分の信じるやり方で、 愛する24区（マチ）と人々の未来を守ろうとするが――― 脚本にアニメ初挑戦の下倉バイオ（ニトロプラス）を迎え、 キャラクター原案は多くの女性から人気を集めるFiFSが担当。 「Fate/Grand Order -絶対魔獣戦線バビロニア-」、「ダーリン・イン・ザ・フランキス」など ハイクオリティな作品を手掛けてきたCloverWorksと、 「ジョジョの奇妙な冒険」のシリーズ監督を務める津田尚克が初タッグを組んだ オリジナルTVアニメーションが誕生！

人理継続保障機関・カルデアは、魔術だけでは見えない世界、科学だけでは計れない世界を観測し、2017年で絶滅することが証明されてしまった人類史を存続させるため日夜活動を続けている。 人類絶滅の原因、歴史上のさまざまな箇所に突如として現れた「観測できない領域」――“特異点”。 カルデアに唯一残されたマスター・藤丸立香は、デミ・サーヴァントのマシュ・キリエライトとともにこの特異点の事象に介入することで、これを解明、あるいは破壊する禁断の儀式――“聖杯探索（グランドオーダー）”を遂行してきた。 今回、新たに発見されたのは七つ目の特異点――紀元前2655年の古代メソポタミア。 不老不死の霊草の探索を終えた、“賢王ギルガメッシュ”が統治し繁栄を誇ったウルクの地は、三柱の女神と数多の魔獣による蹂躙で滅亡の危機にあった。 そして、過去への時間旅行――“レイシフト”によってウルクの地に辿り着いた藤丸とマシュが出会うのは、魔獣の猛攻を食い止める要塞都市・絶対魔獣戦線と、脅威に曝されながらも懸命に生きる人びとの姿だった。 襲い来る神々と魔獣。そして、それに抗う人類―。 そこは人と神が袂を分かつ、運命の時代。 六つの探索（オーダー）を駆け抜けてきた二人――藤丸とマシュが挑む最後の戦いが始まる。

西暦2015年。 魔術がまだ成立していた最後の時代。 人理継続保障機関・カルデアは、魔術だけでは見えない世界、科学だけでは計れない世界を観測し、人類の決定的な絶滅を防ぐため、人類史を存続するため日夜活動を続けていた。 そんなある日、近未来観測レンズ・シバにより、2017年で人類の未来が焼却される――人類が絶滅することが証明されてしまった。 歴史上のさまざまな箇所に突如として現れた「観測できない領域」――特異点。 カルデアはこれを人類絶滅の原因と仮定し、過去への時間旅行を決行。 藤丸立香、マシュ・キリエライト、レオナルド・ダ・ヴィンチ、ロマニ・アーキマンらカルデアのメンバーは特異点の事象に介入することで、これを解明、あるいは破壊する禁断の儀式－その名を“聖杯探索（グランドオーダー）”を行っている。 今回、新たに見つかった七つめの特異点は、紀元前2655年の古代メソポタミア。 ギルガメッシュが不老不死の霊草探索を終え、完成された賢王として君臨する繁栄の時代。 しかし、三女神同盟と数多の魔獣によりメソポタミアは蹂躙され滅亡の危機にあった。 賢王ギルガメッシュはバビロン市を解体し要塞都市バビロニアとして再建、魔獣の猛攻を食い止めていた。 レイシフトした先で魔獣に追い詰められた藤丸たちを助けたのは、“エルキドゥ”と名乗るサーヴァントだった。 そして、遂に姿を現した伝説の魔術師・マーリン。 神々と魔獣、そして人類。種の存亡を賭けた戦いが、いまはじまる。