西暦2015年。 魔術がまだ成立していた最後の時代。 人理継続保障機関・カルデアは、魔術だけでは見えない世界、科学だけでは計れない世界を観測し、人類の決定的な絶滅を防ぐため、人類史を存続するため日夜活動を続けていた。 そんなある日、近未来観測レンズ・シバにより、2017年で人類の未来が焼却される――人類が絶滅することが証明されてしまった。 歴史上のさまざまな箇所に突如として現れた「観測できない領域」――特異点。 カルデアはこれを人類絶滅の原因と仮定し、過去への時間旅行を決行。 藤丸立香、マシュ・キリエライト、レオナルド・ダ・ヴィンチ、ロマニ・アーキマンらカルデアのメンバーは特異点の事象に介入することで、これを解明、あるいは破壊する禁断の儀式－その名を“聖杯探索（グランドオーダー）”を行っている。 今回、新たに見つかった七つめの特異点は、紀元前2655年の古代メソポタミア。 ギルガメッシュが不老不死の霊草探索を終え、完成された賢王として君臨する繁栄の時代。 しかし、三女神同盟と数多の魔獣によりメソポタミアは蹂躙され滅亡の危機にあった。 賢王ギルガメッシュはバビロン市を解体し要塞都市バビロニアとして再建、魔獣の猛攻を食い止めていた。 レイシフトした先で魔獣に追い詰められた藤丸たちを助けたのは、“エルキドゥ”と名乗るサーヴァントだった。 そして、遂に姿を現した伝説の魔術師・マーリン。 神々と魔獣、そして人類。種の存亡を賭けた戦いが、いまはじまる。