異能者ひしめく混沌都市、ヨコハマ。貧民街で生きる孤児の芥川龍之介は、ならず者たちの襲撃によって仲間の命を奪われた。それは「心なき狗」と呼ばれた少年が、瞳に初めての〝憎悪〟を宿した日。そこへあらわれた黒衣の男は、復讐へと駆り立てられる芥川を嘲り、実の妹・銀を連れ去ってしまう。「やはり部下には、もう一人の彼を選ぼう」という言葉を残して。 ４年後。餓死寸前で川べりをさまよっていたところを「武装探偵社」の織田作之助に拾われた芥川は、その推薦のもと働きはじめる。だが、ある雨の日だった。喫茶店のカウンターで偶然にも肩を並べた少年は、武装探偵社への遣いだと話す。その者こそ、表情一つ変えることなく敵を屠り「ポートマフィアの白い死神」の異名で恐れられる、中島敦。敦は、自分を地獄から救い出してくれた首領を信奉し、命じられるがままに動くことを誓っていた。そうとは知らず、芥川が受け取った封筒の中に入っていたのは、行方を探し続けた銀の写真で……。 「ついに来た……第四段階」。すべては、闇に染まる黒衣を纏うポートマフィアの首領・太宰治の企てる計画の中にあった。国家に匹敵する武力を持つに至った組織の長が、真に求めるものとは？　少年たちの邂逅の先に何が待つのか――？

西暦2015年。 魔術がまだ成立していた最後の時代。 人理継続保障機関・カルデアは、魔術だけでは見えない世界、科学だけでは計れない世界を観測し、人類の決定的な絶滅を防ぐため、人類史を存続するため日夜活動を続けていた。 そんなある日、近未来観測レンズ・シバにより、2017年で人類の未来が焼却される――人類が絶滅することが証明されてしまった。 歴史上のさまざまな箇所に突如として現れた「観測できない領域」――特異点。 カルデアはこれを人類絶滅の原因と仮定し、過去への時間旅行を決行。 藤丸立香、マシュ・キリエライト、レオナルド・ダ・ヴィンチ、ロマニ・アーキマンらカルデアのメンバーは特異点の事象に介入することで、これを解明、あるいは破壊する禁断の儀式－その名を“聖杯探索（グランドオーダー）”を行っている。 今回、新たに見つかった七つめの特異点は、紀元前2655年の古代メソポタミア。 ギルガメッシュが不老不死の霊草探索を終え、完成された賢王として君臨する繁栄の時代。 しかし、三女神同盟と数多の魔獣によりメソポタミアは蹂躙され滅亡の危機にあった。 賢王ギルガメッシュはバビロン市を解体し要塞都市バビロニアとして再建、魔獣の猛攻を食い止めていた。 レイシフトした先で魔獣に追い詰められた藤丸たちを助けたのは、“エルキドゥ”と名乗るサーヴァントだった。 そして、遂に姿を現した伝説の魔術師・マーリン。 神々と魔獣、そして人類。種の存亡を賭けた戦いが、いまはじまる。

"伝説の魔城ラダン。全てを闇と化すその強大な力の前に、 相反する力を操る陽の魔戒法師と陰の魔戒法師が力を合わせ、 多くの犠牲を払いながらもその封印に成功したという。 時は流れ、ラダンの脅威はおろか、存在を覚えている者すら皆無となっていた。 ラインシティでの激闘を乗り越えた道外流牙と莉杏は、今宵もホラーを狩り続けていた。 守りし者として、人々の幸せのために。 より強くなった絆と、磨き上げられたコンビネーションで、ホラー・ヘルツバイを圧倒する2人。 その頃、ラダンの封印されている祠に歩み寄る初老の魔戒法師ゲン。 その背後に佇む謎の青年ジンガと、謎の美女アミリ。 ゲンが法剣を引き抜くと、法剣は赤ノ短剣と青ノ短剣に分離して飛び去ってしまう。 そして現れる黒い水晶の様な物体。 それこそがラダンであり、その表面に刻まれる数字は、真の覚醒へのカウントダウンだった。 ヘルツバイの魔の手から女性ユキを救った流牙と莉杏は、その夜空に赤い流星を見る。 それは飛び去った赤ノ短剣だった。 リュメの緊急召集により赤ノ短剣と青ノ短剣を探し出し、 再びラダンを封印する使命を受けた流牙と莉杏は、新たな戦いへと旅立つ。 時を同じくして、ラダンの封印が解かれるのを待っていたかの様に立ち上がる魔戒法師がいた。 その名はガルド。彼もまた短剣を探すべく、魔導具のハルナと共に行動を開始する。 果たしてラダンは甦ってしまうのか？ ガルドの真意とは？ ジンガとアミリの野望、その正体は何か？ 闇を照らす光となれ、道外流牙！ 辛く悲しい決断を乗り越えろ、莉杏！"