大使等の一時帰国とその帰任についての政府説明の趣旨は、

一時帰国の際は
慰安婦像の撤去移転に関して、韓国側の解決に結びつく行動がみられないので、
大使等を帰任させて大統領代行に（これほどの決意なのだという）日本の考えを伝える。

帰任の際は
１，5月9日に大統領選挙が行われるが、その移行期に大使が居ないのは色々と問題なので帰任させて情報収集に備える
２，北朝鮮問題が重大になり、韓国政府との緊密な連絡を取る必要があるのと、邦人保護に万全を期するという観点も踏まえたもの
３，慰安婦像の問題について、黄教安大統領権限代行に直接合意の遵守を強く働きかけ、なおかつ次の政権に継承してもらう必要があるから

というものだったと記憶しています。
私はこの説明は理解できるのですが、younghopeさんも、少なくとも
１，帰国命令の趣旨と帰任命令の趣旨とは違うこと（政策としての良し悪し以前に）
２，帰任命令の趣旨には邦人保護もあること
はご理解されるべきだと思います。

森本康敬釜山総領事の更迭理由の詳細は、政府はもっと説明すべきと私もおもいます。