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"この点において、「クリティカルでない」という発言は「他者の意見をリスペクトしない」ことと必ずしも矛盾しません。"　というあなたの意見は確かに一般的論理においては正しいと思います。しかしこの文章の内容に限定した場合はどうでしょうか。

筆者は自分の意見に対する反論を「だいたい予想できたものばかりだった」「ロジカルで巧妙な意見はひとつもなかった」と一括りに扱い、反論者の大多数が情緒的なタバコ嫌いであり、そのような者たちの反論など取るに足らない、議論に値しないという態度を示しています。

確かに「タバコの存在が害悪であるから、タバコを肯定しようとする執筆者はクソだ」といった感情的な意見には、議論にならないという思いを抱くのも無理は無いかもしれません。
しかし現実的に、そのような狂信的で議論の余地すらないような反論ばかりが寄せられたとは、私にはとても考えられません。むしろ、筆者は議論の余地がある反論まで上述のように一括りにして門前払いしているのではないかと思われるのです。
そしてそこから、筆者の「自分の意見に反論できるものなどいない」という傲慢さのようなものを感じ、この筆者の態度が「他者の意見をリスペクトする」という筆者自身の主張と「矛盾」していると申し上げたのです。

決して、あなたが書かれているような"単にバカで矛盾したことを言っているからだと決めつける"というような安直な考えのもとに意見を書いたわけではありません。お分かりいただけましたでしょうか？

無論、「筆者は議論の余地がある反論まで上述のように一括りにして門前払いしているのではないか」というのは私自身の主観による意見ですから、"単にあなたの解釈ではないでしょうか"というあなたの持たれた疑問も当然のことだと思います。