トンデモの定義は好き勝手拡大し続けていたから実態は「と学会員がトンデモとしたいもの」と言うしかないんじゃないかなあ。
トンデモ本シリーズに挙げられている作品や大賞取ってる作品も「著者の意図とは異なる視点から楽しむことができる本」と言う定義からかけ離れているからそうするしかない。
松平龍樹の官能小説なんて正に作者の意図通りだったし、柳田理科夫とかも最初は「つまらないからトンデモ本ではない」とか言ってたが後で認定している。

あと、基本的に検証能力が低いよね。ネタ本引用してるだけで、そのネタ本の信憑性を判断できないからそのネタ本の間違いや誤読をそのまま引きづったり。
「海外で水をＤＨＭＯと置き換えて危険性をＰＲしたら大半の人間が信じた」（実際は中学だか高校だかの文化祭発表で子供が信じただけ）とか「ドゴン族のシリウス神話は調査した科学者が教えたものだ」（実際は神話自体なし）とか。
独自調査してるわけでもないのに参考文献がやたら少ないのも気になるし。まあこの辺りの意識の低さが後の騒動に結びついたんだろうねえ。