小林先生、ご回答ありがとうございます。
なるほど確かに、メチル化修飾が生成物(スパイクタンパク)の性質に影響する可能性は考えておりませんでした。あり得ない話ではないのかも知れませんね。

後は別の可能性として、苫米地先生か仰っていた仮説もありそうです。
なまじ毒性のないスパイクタンパクだけを作るから、抗体がそれを排除せずにため込んでしまい、いざ本物のウイルスと戦う段になって、溜め込まれたスパイクタンパクが敵と誤認されて攻撃されまくる、という説です。
これなら苛烈な副反応にも説明がつくかも知れません。

ついでに言うと、mRNAってスパイクタンパクを「何個作れたという個数指定は出来ないでしょうから、どれくらいのスパイクタンパクが出来るのかは人体頼りで、個人差のバラツキがあるんじゃないかと思います。