初めてコメントいたします。
整理整頓についてですが、カテゴリー分けしたいとのことですので、サイズがバラバラというものに関しては100均で購入可能なディッシュスタンドやファイルボックスを活用すると良いと思います。カラーボックス等は「枠(サイズ)が決まっている」ものになりますので、サイズがバラバラの場合は上は自由に、横でブックスタンドで止められるような収納が好ましいと思います。
何百冊ともなると本棚が必要かと思いますので上が自由なものをお選びください。DIYをされるなら「壁につける本棚」は初心者でも作りやすいかと思いますので良いかと思います。