かこつです。
由来…なのかどうかはわかりませんが、古来の日本語の文脈においては「花」という一文字は常に桜を意味しておりました。
木花之開耶姫は「木花」という名でもってそのまま桜の女神であると解釈されています。
よって、俳句やその季語を踏襲する茶道などにおいては、未だに「花」を「桜」という文脈で使用します。
以上の流れにより「花冷え」とはすなわち「花(桜)が冷える気温」=「桜が咲き始めた頃に冬のような寒さが舞い戻ってくること」という一定ドンピシャな時期の寒さをさす言葉(季語)となったのですね。
お酒の「花冷え」はその時期の寒さ(気温)を受け継いで10度前後とされています。
「花=常に桜」というこの考えは、日本における桜信仰がいかに深く根強いものかを思わせますね。
稚拙な説明で恐縮ですが、ご参考までにコメさせていただきます。