この問題の件についてコメントするためにわざわざ入会した上にいろいろ読みまわってきましたわ。
ゆっくり霊夢の件について、黒子氏が起こした問題についていろいろ書いてはありましたけど、ゆっくり霊夢自体についてはたしかに言及されてないんですよね。
まず、記事にも書かれてるとおり、ゆっくり霊夢は霊夢から派生し、2ちゃんで生まれたキャラになりますね、んでもって権利自体は２ちゃんがもってます、AA作った本人が出てこようが出てこまいが本人に著作権があることになります、がそれらを統括して、本人が許可を出さない、居ない、そういった状態であれば２ちゃんが代理、と言う表現が正しいか分かりませんが、著作権を保持してる状態とみても良いと思います。

次に、一次創作者のZUN氏とDプ竹崎氏ですが、この問題に関しては記事にも書いてありますし、ある程度ggって調べてるであろうと言うのを前提にします。
ここまで見て、著作権、というので見れば2ちゃんが今持ってることになりますね、その上での利用ですが、ぶっちゃけグレーです、見逃してもらってる、と言った状態と見て良いでしょう。
なぜそうなるか、というと大分古い事件になりますが、のまネコ問題までさかのぼることになります。
のまネコ問題に関しては「５分で解る「のまネコ」問題」というページを見てもらうと分かりやすいですね、今若い層が入ってきていてこの問題知らない人も居そうですね。
このページにも書いてありますが、AAは立派な著作物、ということになってます、線をつないだだけのものを別物として扱えないとあります。

つまり、ゆっくり霊夢に関してはやりすぎれば２ちゃんが騒動を起こす可能性がある、が黙認してもらってる間であれば問題なし、と言ってもいいと思います、ただ、今良く言われてるTPPの非・親告罪化、コレがでてくるとなるとアウトになると思われます。
ここで使われてるゆっくりこうへいに関して、コレもやや改変のあるものの、のまネコがアウトだった以上、ネット上の使用を超える、金の絡む使用方法を取る場合グレーになる可能性はありえると思います。

長々となりましたが、結局は黒に近いグレー、基本は２次創作と同じですね、同人即売会と同じく、金が絡むのであれば危険度は高くなる、とお考えいただければ。
極端な例を言えディズニーが子供が書いたミッキーの絵を見て著作権侵害だ!と言ったレベルの話もありますので、初心としては見逃してもらってるもの、という考えを忘れないようにしたほうがいいかと思われます。