全体での大賞を無くし、ジャンル別で賞を分けるという事については賛成します。
どうやってジャンルを区別するか。そんなもん「第〇回MMD杯～」ってタグをロックするのと同じ様に、投稿者がジャンルを指定してタグロックすれば良いです。「主人公」が複数ジャンルにまたがる場合は「オールスター」とか。（脇役のジャンルまでは無視）。
明らかにジャンル違いなものについては運営が受賞対象から外せばいいです。コメントで指摘も来るでしょ。

でも一番問題起きそうなのが、どのジャンルを採用するかですが・・