京大医学部を目指す高校生の上終瓜生。児童養護施設育ちの瓜生は、京都にある縁結びの神社「甘神神社」の宮司に引き取られ、居候をすることに。そこで待っていたのは、夜重、夕奈、朝姫の巫女三姉妹との同居生活！さらに居候の条件は「婿養子として神社を継ぐ」こと!?三姉妹とのお見合い、甘神神社に降りかかる難題…瓜生は乗り越えることができるのか…？一つ屋根の下、巫女たちと紡ぐ奇跡のラブコメディ！

地球上を覆う情報生命体・スカブコーラルと人類の戦いが巻き起こした世界の危機――サマー・オブ・ラブ。その危機から世界を救ったのは、アドロック・サーストンだった。英雄と讃えられるようになるアドロック。だが、その真相を知るものは、最前線で戦ったごく一握りの人間だけだった。 　そして10年の時が流れた。 　アドロックの残された息子レントンは、ビームス夫妻の養子となり、地方都市ベルフォレストで暮らしていた。14歳になり、鬱屈とした日々を送っていたレントンに運命の転機がやってくる。そして、家を飛び出すレントン。そこからレントンは様々な人との出会い、別れを経験する。 　レントンが出会ったひとりは、ファシリティ・ガード隊長のホランド・ノヴァク。一時、ホランド率いるファシリティ・ガードに身を寄せていたレントンだが、結局わずかな時間でそこからも飛び出してしまった。 　レントンが出会ったもうひとりは、少数宗教ヴォダラクの少女。死に瀕した彼女を救うため、レントンは、再会したビームス夫妻の心配をよそに、奔走する。 　人々との出会いと別れは、レントンに大事なことを気づかせる。自分はなぜ、家出をしたのか。自分はなぜ今、この道を走っているのか。

1990年2月、神戸市北区オリゴン村。 児童養護施設で過ごしていた双子の少年ミギとダリは、ある日裕福で穏やかな老夫婦、園山夫妻に養子として迎えられる。しかしそれはふたりの少年「ミギ」と「ダリ」としてではなく、ひとりの少年「園山秘鳥」としてだった。 二人は正体を隠し、園山秘鳥を演じながらオリゴン村に溶け込んでいく。一体何のために二人で一人の人間を演じているのか。 そこには大きな秘密と恐るべき目的があった。

アラビア半島を進軍し、貿易都市メッカを目指すアブラハの軍隊は、平和を望むメッカの民に「カアバ神殿と聖なる石を破壊し、信仰を捨て奴隷になること」を要求。メッカの民は怒りに震え、戦うことを決意する。 志願兵の青年アウスは、罪に手を染めなければ生きられなかった暗い過去があった。だが、陶工のジュバイルと出会い、彼の養子となって悪の道から足を洗った。成長したアウスは罪の贖罪と幸せな生活を守るために剣を取る。 襲いかかる強大なアブラハの軍隊。アウスの、そしてメッカの民の運命は――。

「もしわたしが悪い人になったら許せませんか？」 　少年は少女を守りたい。そう、思った。 　魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉 が、あらゆる願いをかなえる願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」が起きて10年、冬木市で再び戦争が始まった。前回の「聖杯戦争」の参加者である衛宮切嗣の養子・衛宮士郎は遺志を継ぎ、戦うことを決意する。 　士郎のそばには、彼を慕う少女――間桐桜がいた。 　彼女は毎朝、毎晩士郎の家に通うと朝食と夕食を作り、天涯孤独だった士郎と優しい日々を過ごしていた。 　だが「聖杯戦争」が始まると、冬木の町に流れる空気が変わった。あちこちで殺人事件が起き、不穏な空気が流れ始める。士郎は桜を自宅に泊めることを決意した。 　士郎は召喚したサーヴァント・セイバーとともに、魔術師の遠坂凛と同盟を結び「聖杯戦争」に臨む。だが、その戦いは暗躍する者たちによって大きくきしみ、歪み始めていた。

街を焼き尽くす大災害で孤児となった士郎は、魔術師･衛宮切嗣に助けられ養子となる。そして十年後、平穏に暮らす士郎はふとしたきっかけから、あらゆる願いを叶えると言われる聖杯を巡る戦い「聖杯戦争」に巻き込まれ、魔術師として最強の使い魔（サーヴァント）セイバーと共に戦いに身を投じることとなった。