ベルリたちを乗せたメガファウナが、ジット団を追ってビーナス・グロゥブを出発。だが、すでに地球圏の戦況は一変していた。大気圏外で睨み合っていたキャピタル・アーミィとアメリア軍、ドレット艦隊は、禁忌の存在であるカシーバ・ミコシの近傍でさらに激しく衝突を繰り返す……。

資源の枯渇した地球を救うエネルギーである「フォトン・バッテリー」。地球では製造することのできないエネルギー装置の供給源へ向かうため、地球圏を離れたメガファウナは金星宙域にあるビーナス・グロゥブに到達する。しかし、ベルリたちを出迎えたのは“地球への帰還＝レコンギスタ作戦”を目論むジット団だった……。

突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の4勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる……。

ベルリたち救出のため出撃したデレンセンが海賊部隊のメガファウナを急襲。地球周回軌道上での宇宙戦闘を強いられたベルリは、恩師との対決とは気づかずにＧ-セルフで迎撃してしまう。一方、キャピタル・アーミィはＧ-セルフとラライヤ・マンディの身柄も要求し、エルフ・ブルックのマスク部隊に続き、ベッカーのウーシァ隊を出撃させる。その背後にはスコード教のタブーを無視するほどの危機――宇宙からの脅威の存在があった。

地球上のエネルギー源であるフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすキャピタル・タワー。タワーを護るキャピタル・ガードの候補生ベルリ・ゼナムは、初めての実習で宇宙海賊の襲撃に遭遇して捕獲に協力。捕まった少女アイーダに不思議な何かを感じたベルリは、彼女が「G-セルフ」と呼ぶ高性能モビルスーツを何故か起動できてしまう。宇宙世紀終焉後の時代、リギルド・センチュリーを舞台に少年少女の冒険は世界の真相に直進する。

母なる地球から遥か遠く、宇宙開拓民たちが流れ着いた不毛の惑星・ノーマンズランド。異形の生物が蠢き無法者が跋扈する弱肉強食の世界で、《人間台風》（ヒューマノイド・タイフーン）と恐れられる史上最悪の指名手配犯がいた。 赤いコートの比類なきガンマン、その名をヴァッシュ・ザ・スタンピード。 新人記者・メリルは、飲んだくれの先輩記者・ロベルトともにヴァッシュのスクープを追うが、出会ったのは「決して人を殺さない」、誰よりもお人よしの風来坊だった——！？ 無頼の葬儀屋・ニコラスを道連れに、兄・ナイヴズを追って旅を続けるヴァッシュたち。立ちはだかる無数の刺客たちと、ナイヴズの恐るべき計画とは。すべての謎が明らかになる時、世界を賭けた戦いが始まる！

大災害後の日本に、未来を夢見るふたりの天才がいた。ひとりは天馬午太郎。 もうひとりはお茶の水博志。天馬はその手で「神」を作り出すことを、お茶の水はその手で「友」を作り出すことを夢見て、日夜ロボット研究に明け暮れていた。 そしてふたりの友情が生み出した1体のロボット、A106（エーテンシックス）。A106は果たして「神」となるのか「友」となるのか。 若き天才コンビは、来るべき未来を垣間見る――。

「黄金の種族」の呼びかけに各種族は応え、宇宙への進出を果たした。最後に進出を果たした人類は「鉄の種族」と呼ばれた。その後、遥かな時が流れた時代、人類はより強大な種族である「銀の種族」らの脅威にさらされ、存亡の危機を迎えた。王女ディアネイラは人類存続をかけ、王家に代々伝わる「黄金の種族」からの予言をもとに、遥かなる銀河へ旅立つ。 そして、一人の少年と出会った。少年の名はエイジ。王女と少年の出会いが宇宙に大きな運命の変転をもたらしてゆく・・・

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鴨川上空での戦いから数ヶ月後。地球から遠く離れたポリヘドロン宙域・レ・ガリテでは、ディセ ルマイン の監視の下、ランがウォクス・リンファを使用した実験に参加していた。その最中、デ・メトリオ 軍の奇襲 を受ける実験施設。その部隊の中にはウォクス・イグニスの姿があった。 そして地球日本――レ・ガリテやデ・メトリオなどポリヘドロンの各国家をまじえた宇宙規模の国 際会議が 行われることに沸き立つ千葉鴨川では、高校三年に進級したまどかが、自分の進路を決めかねたま ま、ラン とムギナミと離れて暮らす日々に寂しさを感じていた。 その頃、国際会議のために鴨川に近づくファロスにウォクス・イグニスが接近中との報が入る。ま どかは「 ムギナミが帰ってきた！」と喜ぶが……