11年に一度の祝祭を前に、高揚感と喧騒で溢れかえる正十字学園町。悪魔の侵入を防ぐため、祓魔師たちが結界張り替えに勤しむ一方、暴走する幽霊列車（ファントムトレイン）の退治にあたった奥村 燐は、任務の途中、少年の姿をした幼き悪魔に出会う。