三国志武将の魂を引き継いだ闘士たち。 関東において熾烈な覇権争いのなか、 数々の激戦をくりひろげた闘士たちにもひと時の休息が訪れるはずであった…。 孫策伯符率いる南陽学院の面々は、 関東から遠く離れた京都の地へと「集鍔旅行」に旅立つ。 「集鍔旅行」それは、闘士が各々持つ勾玉の霊力を補充するべく 大闘士大会の間に行われる遠征修練の事である。 国内最大の霊的都市である京都には、 日本の戦国武将の魂を受け継ぐ闘士がおり、 彼らが勾玉の代わりに持つ「刀の鍔」を集める事により 勾玉の霊力を補充する事が出来るのといわれていた。 新幹線で京都についた南陽学院の一行。 しかし、そこで偶然出くわしたのは、ライバル校の劉備率いる成都学園、 曹操率いる許昌学院だった！ 期せずして、京都駅を舞台に始まってしまった乱闘。 そこに鍔を持った京都の闘士までが加わり、 混乱の集鍔旅行が幕を開け、闘士たちの闘いは新たなるステージへ！

『空間震』という未曾有の災害を伴い、隣界より顕現する少女たち―― 精霊。 災厄とまで呼ばれるほど圧倒的な能力を有した彼女たちに対して、人類は対処に追われ続けていた。 精霊に対抗するに当たり、人類に可能な手段は、武力をもって精霊を殲滅する、もしくは―― 『デートして、デレさせる』！ デレて好感度ＭＡＸに達した精霊とキスをすることで、彼女たちの霊力を封印し、己の力にも転換できる―― そんな異能の力を持った五河士道。精霊たちを闘争のスパイラルへと巻き込む元凶となっている強大すぎる霊力を抑え、ときに彼女たちを守るためその力を行使することで、士道は夜刀神十香を始めとした精霊たちを次々と救っていく。

絶強の霊力を持ち、自らの命を削りながら天脈地流バランスを保つ祭司を陽冥司 (ようめいし)という。 陽冥司を務める端木煕 (たんもく·き)は、世間の万霊を沈めることを責務にしている。しかし陽冥司の命と霊力を狙い続けている悪霊だけではなく、その地位や権力を欲しがる人間たちからも常に狙われるという宿命を背負っていた。彼らの攻撃は一刻も止むことがなく、端木煕は常に戦い続ければならない境遇である。 そんな状況の中で、唯一、端木煕が自分自身として向き合うことが出来た存在―それが楊敬華 (ようけいか)、陽冥司である端木煕と運命をともにする守護霊―「影霊 (えいれい)」であった。 第１期アニメでは語りきれなかった端木煕の過去。そして新ストーリーが幕を上げる。彼の記憶に眠っていた“章軒 (しょうけん)”という 人物は一体何者なのか……。