突然姿を消したシュラを捜索するため、燐と雪男は兄弟ふたりで青森・永久蛇湖へ向かう。 ここは、シュラの出身地――かつて獅郎が彼女を保護した場所だった。 捜索を進める中、燐と雪男は、シュラに待ち受ける定めを知る。 一方、正十字騎士團日本支部にやってきた四大騎士（アークナイト）のひとり・ライトニングは、イルミナティについての調査を開始する。 全ては「青い夜」から始まった――そう推測するライトニングは、徐々に騎士團の暗部へ足を踏み入れることとなる……。

魔神（サタン）の血を引く少年・奥村燐は祓魔師（エクソシスト）である弟・雪男の指導の下、祓魔塾で仲間達と訓練に励んでいる。ある時、聖十字学園最深部に封印されていた「不浄王の左目」が奪われる。さらに京都出張所に封印されている「不浄王の右目」も何者かの襲撃を受け、燐たち祓魔塾生は霧隠シュラを隊長に増援部隊として京都へ向かう。犯人の目的は、江戸時代に数万人を殺したという悪魔「不浄王」の復活だった───！かつてない危機に陥った京都を救うことができるのか!?

正十字学園祭のさなか、啓明結社イルミナティの総帥ルシフェルが突如現れる。光の王ルシフェルは、魔神を復活させ物質界と虚無界をひとつにすることを目論み、正十字騎士團に宣戦布告。そして出雲がイルミナティのとある「計画」のために連れ去られてしまう。雪男を隊長とする救出班は出雲が捕らわれている島根県へと向かうが、そこで目の当たりにする壮絶な真実とは…!?