風紀委員長「雲仙冥利」との戦いに勝利した 「黒神めだか」。この戦いによって、箱庭学 園は「フラスコ計画」を巡る新たなる戦いの 火蓋が切られた。目安箱により、箱庭学園理 事長「不知火袴」総帥に呼び出されためだか は、新たな依頼を受ける。雲仙の戦線離脱を 理由に、自分の主宰するプロジェクトに参加 してほしいとめだかに頼む不知火袴。「私は 便宜上、それを「フラスコ計画」と呼んでい ます。」『十三組の十三人』を擁する「不知 火袴」の野望、天才を人工的に作り出すこと ―――。『十三組の十三人』の王土により、フ ラスコ計画の全貌を聞かされためだかはある 決意をする。「生徒会長権限を発動させる ぞ、善吉よ。フラスコ計画を今日中に叩き潰 す！！」

容姿端麗・最強無敵の生徒会長「黒神めだ か」が、問題解決！箱庭学園第98代生徒会長 となった一年十三組の「黒神めだか」は、選 挙戦での公約通り「目安箱」を設置する。 「貴様たちの夢は貴様たちの所有物だ。自ら 挑み自ら叶えよ。しかし貴様たちの悩みは私 の所有物だ。ひとつ残らず私に貢げ！！」生 徒たちから投書された案件を幼馴染の「人吉 善吉」と共に解決していくめだか。目安箱 は、「めだかボックス」などと呼ばれ、生徒 たちから好評を博していた。

桜舞う四月。 俺－支倉孝平－は、記念すべき10回目の転校を果たした。 新しい学舎は修智館学院。 かなりの進学校だとか、キリスト教精神に基づく伝統校だとかは 割とどうでもよくて いちばん大切なのは《全寮制》だってこと。 これなら、転勤族の親父に連れ回されることもない。 俺はようやく自由を手に入れたのだ。 寮の一室で目覚め、友人と登校。 充実した授業を受け、帰寮。 夜は思い思いの時間を過ごし、就寝。 そんな、落ち着いた毎日が待っているはずだったのだが…… 気力体力ともに溢れる副会長、 はかなげで清楚な後輩、 ミステリアスなクラスメート、 常識から大きく外れた寮長、 気苦労の絶えない幼なじみ、 知り合ったのは個性的すぎる人ばかり。 賑やかにならないはずがない。 転校ばかりの過去に置き忘れたものも 得ることができなかったものも ここでなら、取り戻せる気がする。 今はまだ、おぼろげな形しか見えないけれど。