まだ幼かったあの日。父、ケン は幼いアネモネを残して戦いに赴き、そして帰ってこなかった。ちゃんとお別れを言うことができなかったアネモネの小さな胸に深く残る後悔。 　７年が経過した。アネモネは父が散った戦場――東京にいた。人類の敵、７番目のエウレカ＝エウレカセブンと戦うための組織・アシッドの一員として、アネモネには人類の希望が託されていた。そして、アネモネはエウレカセブンの中へとその精神を送り込む。 　アネモネがエウレカセブンの中で出会ったのは、ドミニクという青年と、エウレカという青緑の髪をした少女。この出会いは何を意味するのか。そして、見え隠れするレントンという名の少年の姿。 　アシッドに囚われていた謎の男・デューイは予言する。 「お前たちが見ているエウレカセブンはエウレカセブンではない。偽りの神が創っては破棄した無数の不要な世界。いわばゴミの山だ」 　アネモネとエウレカが出会った時、全ての真実が明らかとなり、新たな世界の扉が開く――。

21世紀初頭の東京。母子で暮らす高校生・神 名綾人は、模試会場に向かう途中に突如上空 に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。破 壊された街で、綾人は自分の描いた絵に酷似 した風景の中で、不思議な少女・美嶋玲香に 出逢う。玲香に導かれるようにして地下鉄に 乗り、神殿にたどりついた綾人は、卵から巨 大な人型の存在「ラーゼフォン」が出現する 瞬間にめぐりあわせた。「真実を見せる」そ の言葉に従って、謎の女性・紫東遙と ＶＴＯＬで東京を脱出しようと試みた綾人 は、玲香に導かれてラーゼフォンに同調、体 内へと入っていく。ついに目覚めのときがき た。超兵器ドーレムを粉砕したラーゼフォン は、そのまま東京から飛び去っていった。外 から故郷を見た綾人は、そこに巨大な木星の ような「TOKYO JUPITER」を目撃する。謎の 存在ＭＵに占拠された首都は、不思議な膜に 閉鎖され、住民は偽りの生活をさせられてい た。しかも外部には、12年も先の時間が流れ ていたのだった…。 東京を支配する「青い血」の人間とは何者 か？綾人とラーゼフォンには、どんな関係が あるのか？そして真実の世界で、綾人を待ち 受ける運命は何か？