七つの特異点での戦いを遂行し、 ついに聖杯探索(グランドオーダー)の最終地点――終局特異点、冠位時間神殿ソロモンへと到達した 人理継続保障機関・カルデア。 全ての元凶である魔術王ソロモンを倒し、未来を取り戻す。 そのときを間近に控えた一行は、それぞれの時間を過ごしていた。 ロマニ・アーキマンは自分がこれから行うであろう選択に、マシュは限りのある命に、思いを馳せる。 そして最後の作戦を控えた藤丸は、新たな礼装に身を包もうとしていた。 これまでに得た多くの出会い、そして多くの未来を賭け、 藤丸とマシュはついに最後の作戦へと赴く……。

人理継続保障機関・カルデアは、魔術だけでは見えない世界、科学だけでは計れない世界を観測し、2017年で絶滅することが証明されてしまった人類史を存続させるため日夜活動を続けている。 人類絶滅の原因、歴史上のさまざまな箇所に突如として現れた「観測できない領域」――“特異点”。 カルデアに唯一残されたマスター・藤丸立香は、デミ・サーヴァントのマシュ・キリエライトとともにこの特異点の事象に介入することで、これを解明、あるいは破壊する禁断の儀式――“聖杯探索（グランドオーダー）”を遂行してきた。 今回、新たに発見されたのは七つ目の特異点――紀元前2655年の古代メソポタミア。 不老不死の霊草の探索を終えた、“賢王ギルガメッシュ”が統治し繁栄を誇ったウルクの地は、三柱の女神と数多の魔獣による蹂躙で滅亡の危機にあった。 そして、過去への時間旅行――“レイシフト”によってウルクの地に辿り着いた藤丸とマシュが出会うのは、魔獣の猛攻を食い止める要塞都市・絶対魔獣戦線と、脅威に曝されながらも懸命に生きる人びとの姿だった。 襲い来る神々と魔獣。そして、それに抗う人類―。 そこは人と神が袂を分かつ、運命の時代。 六つの探索（オーダー）を駆け抜けてきた二人――藤丸とマシュが挑む最後の戦いが始まる。

我聞悠太は高校2年生。 一攫千金狙いのオカルト板まとめ系アフィブログ“キリキリバサラ”を運営し、 世に数多存在する超常現象を科学的に「バッサリと斬り斬りしちゃう！」べく、日夜オカルトに挑んでいた。 ところが、そんな彼のブログをきっかけに、徹底的にマニアックでおかしな同志たちが大集結。 自己矛盾型自称救世主 神癒霊能媒介者 全否定型超理論派大学生 萌え系占い大先生 死後の世界案内人 未来予知型同人漫画家姉さん 黒魔術代行屋 リア充系雑誌記者 残念系コスプレオタク刑事 出会うはずのなかった彼らの運命が不思議と交差してしまう。 そして、彼らの周囲で巻き起こり始める、小さな小さな“違和感”の数々。 それらは次第に大きなうねりとなり、 やがて想像を絶する大事件へと発展していく──