偏屈で無口な変わり者・小戸川。 個人タクシーの運転手として街を流しながらも、なるべく他人と関わらないように、平凡な日々を過ごしていた。 ところが、ある日、思い掛けず、 『練馬区女子高生失踪事件』に巻き込まれてしまう。 さらに、小戸川の周囲からは、「一人暮らしの部屋から話し声が聞こえた」など、不穏な証言も。 事件は、億を超える巨額 の金、目的不明の半グレ集団、売り出し中のアイドル、カリスマ化されていく大学生など、 様々な事物が絡み、 収拾不可能なほど混沌としていく。 それでも、ある計画の実行をきっかけに、事態は一気に収束。一連の出来事は、多くの悲しみや不条理をはらみながら、 いったんの結末を見た。……かに思われた。 事件後、かかわっていた人々が、口々に証言する。 見えていた出来事の裏の裏。本当はそこで、何が起きていたのか…を。 それらを繋ぎ合わせることで浮かび上がってくる、事件の新たな輪郭。 一人のタクシードライバーが体験した、“人生を一変させるような出来事”がカタチを変え、 未来へと続く運命の歯車が再び揺さぶられていく。

とある「仕事場」で対峙する2人の殺し屋。 クールな賞金稼ぎの女・シャトーと謎多き最強の男・リャンハ。 シャトーはこの交戦をきっかけにリャンハと敵対 ――するはずが、なぜか彼に気に入られ、つきまとわれることに。 彼女はなし崩し的にリャンハと協力関係を結んでしまうが、 彼を狙う組織との抗争に巻き込まれていく。 さらにその戦いは、彼女の過去とも関係しているのだった。 リャンハはなぜシャトーに接近するのか。 シャトーに秘められた過去とは。 相性最悪の2人が織りなす、「殺し屋×殺し屋」の歪なサスペンス。 奇妙な運命の歯車がいま動き出す。

小学5年生の才賀勝(さいがまさる)は父親の事故死によって莫大な遺産を相続したことをきっかけに命を狙われていた。 そんな折、青年 加藤鳴海(かとうなるみ)は偶然にも勝と出会い、手を差し伸べることを決意する。しかし、勝を追ってきたのは人間ではなく高い戦闘能力を持つ人形使い達であった。 窮地に陥った二人は突如姿を現した懸糸傀儡(マリオネット)を操る銀髪の少女しろがねに助けられる。 こうして、日本で出会ったこの3人は数奇な運命の歯車に巻き込まれていく──

「お前の罪…それはお前の存在そのものだ」ベザリウス家次期当主のオズは成人の儀の最中、突如として現れた「アヴィスの使者」によって二度と出られないという永遠の監獄、異世界アヴィスへと堕とされてしまった。「お前という人間を待っていた――」目の前に現れた謎の少女アリスは、オズに問う。「目的は一緒だろう？　ならば共に手を合わせようじゃないか――」　オズの罪とは何か？　アリスの目的とは？　今、運命の歯車が回り出す――！

世界中の魔力が消失してから1000年近くの時間が過ぎ、すでに魔法は人々の記憶からもすっかり忘れられていた。 そんな世界で生きる明るく元気な高校生、小日向満月は前向きに暮らしながらも、心のどこかに不安を抱えていた。 自分には何もない――。 勉強も運動も得意ではない彼女は、自分だけにできる“何か”に憧れていた。 夜空の月がやけに大きく感じられた満月の晩。 彼女はもうひとりの月の名を持つ少女、新月エルネスタ深海と出会う。 それは魔法人形“アルマノクス”との遭遇でもあった。 満月の運命の歯車が、軋んだ音を立てて今動き始める――。

夜の墓場で「小山田まん太」が出会った少年、「麻倉葉」。 森羅学園に転校生としてやって来た彼は「あの世とこの世を結ぶ者」すなわち「シャーマン」だった。 600年前のサムライの霊「阿弥陀丸」と運命的な出会いを通して「麻倉葉」は「シャーマンの王：シャーマンキング」になるための資質を開花させていく。 そして宿命のライバル「道蓮」をはじめ、「世を浄化するシャーマンの王」を目指す様々なライバルたちの登場。 巨大な2つの彗星が夜空を駆け、世界中のシャーマン達にシャーマンキングの座を巡る闘いの始まりを告げる。 　そして今、運命の歯車が回りはじめる。

太白歴96年、帝国軍の襲撃によって村と両親を失った姉妹、苻 殷(ふ いん)と苻 寧(ふ ねい)。妹の寧(ねい)は襲撃によって両方の腕を切られ失っていた。 二人は今、村々を回る旅芸人で生計を立てていた。旅の途中、姉の殷(いん)は偶然、数百年間置き去りにされていた『天書(てんしょ)』を手にする。太白軍の攻撃に出くわした姉妹は、天書から現れた不思議な少女『雲(ゆん)』と、伝説の剣『軒轅剣(けんえんけん)』で太白軍を撃退する。 一方そのころ、姉妹の幼馴染みの少年蒲 釗(ぷ しょう)は太白の奴隷となっていたが、機関術の才能を見出され、帝国内での地位を得る。釗(しょう)は、太白皇帝に取り立てられ、最強の機関獣の製作に没頭する。そして成果を上げた釗は、上将軍となって戦場におもむくようになる。 反抗軍に加わった殷と寧の姉妹。軒轅剣を持つ姉の殷と、戦闘義手をつけた妹の寧、そして雲の活躍で、反抗軍を次々と勝利に導く。 しかし、争いに疑問を感じながら妹をかばって戦う殷と、自立をあせって戦いたがる寧は、気持ちがすれ違っていた。 戦いの中、殷、寧、釗の再会の時が訪れる。敵同士として相対した時、互いに死んだと思っていた３人の運命の歯車が大きく回転する。

――唐突だが。世界はとっくに滅亡している。 1000年前に一度滅んだ地球を「Y」と名乗る伝説の時計技師が時計仕掛けで再構築した世界。落ちこぼれの高校生・見浦ナオトは、「Y」が残した自動人形（オートマタ）のリューズ、そして天才時計技師の少女・マリーと出逢う。彼らの能力が噛み合わされた時、運命の歯車は回り出す。 破綻と延命を繰り返し、崩壊寸前の地球（「クロックワーク・プラネット」）を修復するクロックパンク・ファンタジー！

強大な魔法で人々を恐怖に陥れた「魔女」たちと、人類の間で繰り広げられた「魔女狩り戦争」が終結してから150年。 残存する魔導の脅威を取り締まる「異端審問官」の育成機関「対魔導学園」では、今日も若き志願者たちが訓練に励んでいた。 剣では誰にも負けない腕前を持つ草薙タケルもまた、対魔導学園に通う生徒のひとり。 しかし武力の頂点は、剣から魔法、そして銃へと移り、彼が振るう“剣”はすでに時代遅れのものとなっていた。 絶望的に銃の才能に欠けるタケルが隊長を務める「35試験小隊」、通称「雑魚小隊」は、彼を含め、劣等生たちの寄せ集め部隊。 そんな小隊にある日、元異端審問官である夕焼け色の髪を持つ少女・鳳桜花が入隊することに。 魔女に対し異常なほどの憎しみを抱えた彼女との出会いを機に、35小隊の運命の歯車は大きく回り始める……。 「あなたは目的のためならば大切なものを捨てられますか？」 突きつけられる“瑠璃色”の問い。 魔女、死霊術師、錬金術師、魔導遺産……、世界を巻き込む様々な脅威に立ち向かっていく“最弱”の雑魚小隊。 それぞれに“秘密”を背負い出会った問題児たちの歩む道とは…！？

第一章 「君は、1日が24時間ではないと言ったら、信じるかい？」 1日と1日の狭間にある隠された時間「影時間」。 街は動きを止め、人々はオブジェへと姿を変える。 そこにはびこる異形の怪物「シャドウ」。 それらに対抗できるのは、ペルソナという特殊な力を持つ者だけ。 私立月光館学園に転校してきた主人公・結城 理は ペルソナの力に覚醒し、同じペルソナ使いたちで構成された特別課外活動部へと引き入れられる。 彼らはそれぞれ目的のため、影時間の真相を追ううち、 想像を絶する運命と対峙する―――。 ©ATLUS ©SEGA／劇場版「ペルソナ３」製作委員会 第二章 「こんな日が、これからもずっと続けばいいのに――」 私立月光館学園に転入した主人公・結城 理は、 異形の怪物「シャドウ」の襲撃をきっかけに、「ペルソナ」の力に覚醒し、 同じペルソナ使いたちで構成された特別課外活動部へと引き入れられる。 最初は流されるままに行動していた理だったが、 「影時間」の謎を追い、「シャドウ」との死闘を重ねていくうちに、 その心は大きな変化を見せ、仲間との強い絆を得る事となった。 そして季節は春から夏へ。「シャドウ」との戦いは終わっていなかったが、 特別課外活動部は新メンバーを迎え、非日常的な毎日に充実感さえ覚えるようになっていた。 運命の歯車がまわり、また新たな試練が訪れることになるとは、 誰も知らないまま――。 ©ATLUS ©SEGA／劇場版「ペルソナ３」製作委員会 第三章 「なんとなくわかったよ―君は失うことを恐れているんだね？」 季節は秋へ。異形の怪物「シャドウ」と、主人公・結城 理をはじめとした 特別課外活動部の戦いにも終わりが近づこうとしていた。 「影時間」を終わらせるために「シャドウ」との死闘を重ねていく理たち。 戦いを通し、あるものは仲間や家族の死と向き合い、 あるものは守るべき大事なものに気付き、 また、あるものは自分たちのこれまでの戦いの意味に葛藤する。 そして、理のまえには謎の転入生・望月綾時が現れる―。 新たな朝を迎えた時、再び運命の歯車はまわりはじめる。 それぞれの繋がりを巡る戦いが始まる―。 ©ATLUS ©SEGA／劇場版「ペルソナ３」製作委員会 第四章 「滅びの時は、確実に迫っている。止める事は出来ない」 死を知り、死を見つめ、死と向き合う。 さまざまな出会いと別れを繰り返し、その度に、成長を遂げてきた結城 理と仲間たち。 その戦いは、世界のためではなく、自分自身のためだったのかもしれない。 それでも、戦いの先に平穏な日々があると信じて彼らは戦い続けてきた。 しかし、滅びは人類が背負うべき運命だと少年は言う。 友人だと信じていた少年が、無情にも現実を突きつける。 季節は冬へ。その先にある春を迎えるため、 理が下す決断とは――。 ©ATLUS ©SEGA／劇場版「ペルソナ３」製作委員会

時は昭和3年。熊本の花街・二本木。男と女の欲望と愛憎がうずまく料亭・八雲に、一人の女胴師がやってきた。女はかつて八雲の娘であった城 島りん。 またの名を＜不知火おりん＞。二度と足を踏み入れるはずのなかった八雲の敷居をまたいだ時、運命の歯車は、音を立てて激しく反転していく のだった…。

バレンタイン前の休日に悪友の渡良瀬準に呼び出され、チョコの買出しに付き合わされた小日向雄真。この日から彼の運命の歯車が回り始める・・・。公園で瑞穂坂学園のアイドル・魔法科の天才少女、神坂春姫と出会い。ナゼか彼女からバレンタインのチョコレートをもらってしまい・・・。そして、謎の魔法科校舎崩壊事件によって、春姫が同じクラスに編入されてからは、ただでさえ騒がしい毎日がエスカレートする。春姫に対抗意識バリバリの『歩く災害スプリンクラー』柊杏璃。奇想天外な行動でまわりを困惑させる・・・もとい驚かせる、高峰小雪先輩。しっかり者だかボケているのかよくわからない義理の妹、小日向すもも。さらに、悪友・ハチ＆準や謎の転校生が、雄真と春姫の運命の歯車に拍車をかける。Beginning to our happy story “happiness”

舞台は日本海に面した“綾凪市”。10年前に発 生した“同時多発無気力症”による災害から復 興を遂げた未来型新興都市である。高校生の 神郷慎（カンザト シン／17歳）は、弟の洵 （ジュン／14歳）と共に、長男で綾凪市の若 き警察署長である諒（リョウ／28歳）と10年 ぶりに再会する。 その頃、綾凪市ではある怪奇事件に襲われて いた。潜水艇の中から忽然と姿を消した乗組 員。10年ぶりに世間を騒がせる無気力症。学 生が無惨な姿となって殺されていく表裏反転 死体事件。一連の事件に潜む組織を追う諒。 そして事件に巻き込まれた事から、異形の姿 をした“ペルソナ”を覚醒させる慎。 兄弟達の運命の歯車が今回り始める――。