優秀なデュエリストを育てるための学園、デュエルアカデミアを舞台に誰よりもデュエルを愛し、カードに宿る精霊を見ることができるという不思議な力を持つ主人公 遊城十代が様々なライバルと激突。 デュエルを通して、アカデミアで発生する数々の難事件を解決していく。

ゲーム好きの高校生「武藤遊戯」が、ゲームショップを経営する祖父から古代エジプトより伝わる誰も説いたことがないという「千年パズル」をもらう。 苦労の末に、千年パズルを解いたことで目覚めた「闇の力」。 千年パズルが輝きだす時、闇に眠るもう一人の遊戯がが現れた！遊戯の中のもう一人の遊戯…。新たなデュエルが今、始まる！