クリスマスが間近に迫ったある冬の日。学校に向かったキョンはいつもの日常と違うことに気づく。後ろの席にいるはずのハルヒがいない……。さらに驚くべき事に、その席に座っていたのは、(『憂鬱』にて)キョンを殺そうとして長門に消滅させられたはずの朝倉だった！

｢この中に宇宙人、未来人、超能力者がいたら、あたしのところに来なさい。以上!｣ 入学早々、時を止めるような挨拶をした涼宮ハルヒ。 そんなSF小説じゃあるまいし…と、誰でもそう思う…。しかしハルヒは心の底から真剣だった。 それに気づいたキョンをとりまく日常は、もうすでに超常になっていた…。 涼宮ハルヒが団長の学校未公式団体｢SOS団｣が繰り広げるSF風味の学園ストーリー。