魔法。 それが現実の技術として確立されてから約一世紀が過ぎていた。 国立魔法大学附属第一高校、通称“第一高校”に とある兄妹が入学する。 魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。 すべてが完全無欠な優等生の妹・深雪。 二人の学生生活は激動に次ぐ激動の日々だった。 政治結社《ブランシュ》の襲撃。 九校戦への香港系国際犯罪シンジケート《無頭竜ノー・ヘッド・ドラゴン》の介入。 大亜連合軍の横浜への侵攻。 人の精神に取り憑いて変質させる魔物パラサイトの出現。 そしてUSNA軍魔法師部隊スターズ総隊長アンジー・シリウスことアンジェリーナ＝クドウ＝シールズの来訪。 波乱に満ちた一年が終わり、二年生になった二人の生活も少しずつ変化する。 四葉家から使わされた桜井水波が達也たちと同居することになり、 達也は新設された魔法工学科、通称《魔工科》に転科する。 深雪と共に平穏な学園生活を送るはずだったが それを世界が許すはずもなく…。 そして、──波乱の日々が、再び幕開く。

京都で復活した不浄王の討伐に成功し、正十字学園での日常生活に戻った燐たち。 しかし、正十字騎士團には悪魔に関する悩み相談が増え、世界各地でも異変の波が広がり始めていた。 燐たち候補生は、協力して学園で起こる不可思議な現象を解決していく。 そして迎えた正十字学園祭のさなか、啓明結社イルミナティの総帥である光の王・ルシフェルが突如現れる。 ルシフェルは正十字騎士團に宣戦布告する—— 魔神サタンを復活させ、物質界(アッシャー)と虚無界(ゲヘナ)を融和する、と。 そしてとある「計画」のため、出雲が必要だと言うが……。

千年パズルを完成させたことにより、≪闇遊戯≫という、もう１人の人格を呼び覚ました武藤遊戯。 海馬コーポレーションの社長にして決闘者(デュエリスト)の頂点に君臨する海馬瀬人や、仲間たちと数々の死闘を繰り広げたが、過去との因縁により、もう1人の自分との闘いを余儀なくされ、遊戯と闇遊戯はついに決別し、別々の道へ旅立つこととなった――。 そうして、闇遊戯との最後の決闘を終えて、日常を取り戻したかに見えた遊戯たち。 その前に現れた謎の少年≪藍神(あいがみ)≫。 そして、世界中で次々と起こる謎の失踪事件。 ただひたすら千年パズルを探し求める海馬。 すべてのピースが合わさるとき、再び決闘（デュエル）の幕が切って落とされる！