時は西暦2205年。歴史改変を目論む“歴史修正主義者”による、過去への攻撃がはじまった。 歴史を守る使命を与えられた“審神者（さにわ）”によって励起された 最強の付喪神“刀剣男士（とうけんだんし）”。 これはそんな彼らが、とある“本丸”を舞台に、 ひたむきに、そしてほがらかに生きる“花丸”な日々の物語。