地球侵略を目論む未知の異星体ジャムと、地球防衛機構が設立したフェアリイ空軍の戦いの最前線に、深井零というパイロットがいた。信じるものは愛機のみという虚無的なパイロットと戦闘機「雪風」の存在が、膠着状態だった戦線に波紋を投げかける。かつて人類が体験したことのない熾烈な戦いが、今始まろうとしていた。

リュウがサガットを打ち破ってから数年後。犯罪シンジケートシャドルーの魔の手が世界中に及び、各地でテロ活動などが相次いでいた。 事態を重く見たインターポールはアメリカ空軍と協力し、シャドルーの壊滅作戦へと動き出す。 一方、シャドルーの総帥たるベガは優れた格闘能力を持つ素体を見つける為に、「モニターサイボーグ」なるスパイロボットを各地へ配置していた。 その最も有力な標的は、「自分より強い奴に会う」という目標を抱え、流転の旅を続けながらストリートファイトに励む格闘家・リュウであった。

この物語は「第501統合戦闘航空団ストライクウィッチーズ」と同じ世界、 同じ時間軸で行われている別動隊の、戦わないウィッチたちによる活動記録。 「戦闘不適合者」のレッテルを張られた彼女達が、 不思議な雰囲気をまといナイトウィッチの資質を持つ主人公・ジニーを中心に、 それぞれ僅かに持っている能力を歌と踊りに変えて、 どん底から這い上がりながらも世界中の人たちに笑顔を届ける物語。

1966年、秋。ベトナム戦争最中の、日本の中のアメリカ－米空軍・横田基地。ファントムＦ４戦闘機があわただしくスクランブル発進する基地周辺を殺伐とした空気が包む中、街では不審な自殺が相次いでいた。地下鉄・銀座線、浅草行最終電車。殺風景な車両にたたずむひとりの少女。大人をも射すくめる強い眼差しと、堅く結ばれた唇が秘めた意思を物語る－彼女の名は小夜（ＳＡＹＡ）。人間社会に身を潜めた吸血鬼＜翼手＞を倒すため、＜組織＞が送り込んだ救世主。セーラー服に身を包んだ小夜は、日本刀を武器に基地内のアメリカンスクールに潜入したが・・・