母親の死をきっかけに、両親の故郷に引っ越してきた小学5年生の宮ノ下（みやのした）さつきと、弟で1年生の敬一郎（けいいちろう）は両親も通ったという「天の川小学校」に転入することになった。 転入初日、名高い心霊スポットで今は使われていない旧校舎に、ふとしたきっかけで足を踏み入れてしまったさつきたちは、そこで母親の日記を発見する。それには昔、母親が「霊眠（成仏させ封じ込める事）」させた幽霊や妖怪のことが記されていた。だが、それらを封じ込めていた裏山の大杉の木が開発のため切り倒されてしまった！ さつきたちは、解放され人間を襲い始めた妖怪たちをこの「オバケ日記」を元に再び霊眠させなければならなくなったが…。

北海道・鵡川のビンボー牧場『みどり牧場』の期待を背負って生まれた桜花賞馬『ミドリコ』の仔馬は、まるで犬のような姿の白毛のチビだった。 牧場主の『飯富源次郎』は仔馬を処分しようと考えるが、息子の『勝』はそれを必死で止める。 実はこの仔馬は見た目に似合わず物凄いスピードとパワーを持っていたのだ。

皿屋敷中学最強の不良と恐れられている浦飯幽助は、ある日、子供を助けようとして交通事故に遭い、あっけなく死んでしまう。 だがその死は、霊界にとっても予想外の出来事だった。天国はもちろん、地獄にさえも幽助の行く場所はない。 困り果てたエンマ大王のJr.・コエンマは幽助に試練を与え、その心を試した上で生き返らせるという話を持ち掛ける。 その試練とは、人間界で起こる異界の生物のが絡んでいる事件を解決する、霊界探偵としての使命を全うする事だった。 そして、人間界に現れる妖怪たちとの戦いの中で知り合った妖怪・飛影、蔵馬、そしてケンカ友達の桑原という仲間を得、また、幽助自身“霊光波動拳”という強力な武器を習得し、霊界に反目する“四聖獣”を倒し、金の為に人間が集めた、妖怪たちが、血と快楽を求めて殺しあう“暗黒武術会”、 魔界の穴を広げ人間界を恐怖に陥れんとする元霊界探偵、ついには幽助の本当の父親の住まう魔界の覇権を争うトーナメントへと、次々現れる強敵に挑んでいくのだった。