都立ツツジ台高校。 放課後の教室で、響裕太は記憶の中にあるはずのグリッドマンをノートに何度も描いては消していた。 かつてこの世界はひとりの少女によって作られ、壊された。 その少女の心を救ったのは、異次元からやってきたハイパーエージェント・グリッドマンと、彼女が作った心を持った怪獣、そして裕太たちであった。 ２年生に進級し、六花と別のクラスになった裕太は告白を決意する。 そんな平和になった世界で過ごす彼らの日常は、轟音と共に崩れ始めた。 裕太に訪れる危機の最中、突如現れるグリッドマンは語りかける。 「この世界のバランスが崩れようとしている」 やがて真紅の強竜ダイナレックスや、グリッドマンの協力者である新世紀中学生、そして別世界の住人、麻中蓬たちも裕太の前に次々と現れる。 六花への想いを秘めたまま、裕太の非日常が始まった。

世界を崩壊させるという“魔王因子”を持つ魔王候補・春日アラタは トリニティセブンの一人である浅見リリスらと共に遺跡調査を行っていた。 アラタの力に反応した強い力により、辺りはまばゆい光に覆われ、 気づけばそこは古より天空に存在する、全世界の英知を司る場所・「天空図書館」だった。 すると突如、紅い稲光とともに、顔がアラタにそっくりなある男が現れる―。 名は紅の魔王“アビィス・トリニティ” 彼は、魔王を滅ぼすための魔王であり、街を一瞬で消し飛ばす強力な力の持ち主故、 長く「天空図書館」に封印されていた。 アラタの魔王因子に反応してその封印を解かれた彼は、 魔王としての力を取り戻し、世界を、すべてを無に還すことを目論んでいた。 そのカギとなるのが、彼の娘・リリス―――― なんと、リリスは最強魔王の娘だったのだ……っ！ アビィスの危険すぎる力により囚われたリリス。 アラタたちは、リリスを救い、最強魔王を打ち倒すべく魔王兵器を探すことに……。 しかし、それを使えば、人の心を失い、完全に魔王化してしまうというが……。 魔力を支配するか、それとも支配されるか――。 アラタの最大のピンチが訪れる――！

突如出現した謎の飛翔体、ザイ。それは、人類の航空戦力を圧倒した。 彼らに対抗すべく開発されたのが、既存の機体に改造を施したドーターと呼ばれる武器。 操るのは、アニマという操縦機構。 それは――少女の姿をしていた。 鳴谷慧が出会ったのは真紅に輝く戦闘機、そしてそれを駆るアニマ、グリペンだった。 人類の切り札の少女と、空に焦がれる少年の物語が始まる。

新宿の雑踏を駆け抜ける少年、一希東（かずき あずま）。 10年ぶりに日本に戻ってきた東は、武装した男たちに追われて逃げるはめになってしまう。 男たちは、意思を持つ武器である「ブブキ」を捕獲することを目的とする「ブブキ警察」の警察官だった。 捕らえられ尋問を受ける東だったが、突然目の前の床が溶け落ちると、右手の形をした謎の物体が姿を現す。 「右手ちゃん」と呼ばれるそのブブキは、不思議な力を発揮してブブキ警察官たちをなぎ倒すと、主人である少女、朝吹黄金（あさぶき こがね）と共に東を助け出すのだった。 東はさらに、「ブブキ使い」の少年少女、野々柊（のの ひいらぎ）、扇木乃亜（おうぎ きのあ）、種臣静流（たねおみ しずる）と会う。 自分も「心臓」のブブキ使いだと知った東は、柊たちと共に新宿の地下に眠る巨人、ブランキ“王舞”を復活させるために動き出す。 東たちの持つ5つのブブキが40メートルの巨人、ブランキ“王舞”として再生し地上に姿を現すと、真紅の巨人、ブランキ“炎帝”が彼らの前に立ちはだかるのだった。

真紅・雛苺・翠星石・蒼星石、４体のドール で今日も賑やかな桜田家。 そんな中、ふとした事で真紅の衣装の薔薇の 飾りが取れてしまう。 ジュンは真紅に衣装を直すように言われ、赤 い糸を買いに行くこととなる。 糸を買いに行った先で、一つのブローチが目 に止まり一緒に買って帰ったジュン。 家に帰り衣装に買ってきたブローチを付け真 紅に渡したジュンだが、 真紅はそのブロー チを引きちぎ ってしまう……。

休み。ジュンは二学期から登校するために、 ひとり図書館で勉強に取り組んでいた。 一方、桜田家の中はと言えば、真紅や雛苺に 翠星石や蒼星石も交じって、以前と変わらず 賑やかな日 常が続いていた。 そんなある夜、真紅の夢に水銀燈が現れ「あ なたは、何のために戦ったの？」と訴える。 動揺する真紅を落ち着かせるために紅茶を淹 れようとするジュンは、物置の鏡が怪しい光 を放ってい るのに気付く。

精霊と人の共存する世界。 人々は精霊の起こす奇跡に頼り、精霊は人の奏でる音楽を糧としてこの世界に顕在する。 指令は音楽家の奏でる音楽に操られ、その力を発揮する。 特殊な音楽を奏でる彼らは『神曲楽士（ダンティスト）』と呼ばれ尊敬を集めていた。 普段は姿を現さない精霊たちであるが、一部の力ある精霊は人や動物などの姿へと実体化し、 人類の「良き隣人」として社会生活を送っていた。 この作品は、人と精霊が暮らす大陸― ポリフォニカで精霊コーティカルテと新米神曲楽士フォロンの恋と成長が描かれる物語である。

ひきこもりの中学生・桜田ジュンの元に届い た一通のダイレクトメール。 まきますか　まきませんか その選択により世界は枝分かれした。 「まきます」を選んだジュンは真紅と出会い、 「まきません」を選んだジュンは真紅と出会 わないまま、やがて大学生になっていた。 決して交わるはずのない世界。 だが、ふたつの世界は繋がってしまった…！！ ひきこもりを克服して外に出たものの、自分 の居場所を見つけられない「まかなかった」 ジュン。 「ローゼンメイデン」が存在するはずのない 世界にやって来た真紅。 その出会いがもたらすものは…！？