2045年。全ての国家を震撼させる経済災害とAIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争へと突入した。電脳社会に突如出現した新人類“ポスト・ヒューマン”による電脳犯罪を阻止すべく、全身義体のサイボーグ・草薙素子率いる公安９課は、先の大戦で廃墟と化した東京へと向かう。奪取された原子力潜水艦による核大戦の危機が迫るなか、公安９課、アメリカ、ポスト・ヒューマンによる三つ巴の戦闘が激化していく――。

世界各地でテロと対抗して戦う秘密武装集団「ミスリル」。その中核を担う西太平洋戦隊の巨大潜水艦「トゥアハー・デ・ダナン」の艦長は…16歳のドジッ娘・銀髪美少女だった！ 潜水艦の発令所の中、下着姿で眠りから覚めたテレサ・テスタロッサ大佐＝通称テッサは、淡い想いをよせる宗介に寝ぼけて抱きついてしまい…。

2039年、人類は温暖化に伴う急激な海面上昇 により、地上での版図を大きく失った。 それに呼応するかのように、霧を纏う謎の軍 艦群「霧の艦隊」が世界各地の海洋に出 現、。 搭載した超兵器で人類の艦を攻撃し始め た。。 人類は持ちうる戦力を投入し、最終決戦「大 海戦」に臨むも、「霧」の圧倒的な武力の前 に。 脆くも敗れ去った。。 すべての海域、運搬経路を「霧の艦隊」に よって封鎖され、政治経済は崩壊、。 人類は疲弊の一途をたどっていた――――――― 「大海戦」から7年。 士官候補生・千早群像の前に現れた「霧の艦 隊」の潜水艦「イ401」。。 敵であるはずの「イ401」、そのメンタルモ デル「イオナ」との出会いは群像に、。 そして人類に何をもたらすのか_？。

舞台は日本海に面した“綾凪市”。10年前に発 生した“同時多発無気力症”による災害から復 興を遂げた未来型新興都市である。高校生の 神郷慎（カンザト シン／17歳）は、弟の洵 （ジュン／14歳）と共に、長男で綾凪市の若 き警察署長である諒（リョウ／28歳）と10年 ぶりに再会する。 その頃、綾凪市ではある怪奇事件に襲われて いた。潜水艇の中から忽然と姿を消した乗組 員。10年ぶりに世間を騒がせる無気力症。学 生が無惨な姿となって殺されていく表裏反転 死体事件。一連の事件に潜む組織を追う諒。 そして事件に巻き込まれた事から、異形の姿 をした“ペルソナ”を覚醒させる慎。 兄弟達の運命の歯車が今回り始める――。