新たな劇場版シリーズの第4部であり、完結編。ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

特殊能力を保持した千鳥かなめの護衛として、軍事組織ミスリルが派遣した敏腕傭兵の相良宗介。戦争ボケの宗介が起こす騒動にツッコミを入れるかなめ。だが、そんなかなめにテロリストの魔の手が迫る! スクールライフとミリタリーサスペンスが表裏一体となって繰り広げられるフルメタ・ワールド、満を持して再展開!!

敵＜アマルガム＞のガウルン、ゲイツといった強敵を倒し、いつもの平和な日常が戻った「陣代高校」。 しかし、そんな日々は長くは続かなかった・・・。 失態続きの＜アマルガム＞は、本気で相良宗介たちに襲いかかってくる。 世界各地の＜ミスリル＞の基地が強襲される！ テッサ率いるトゥアハー・デ・ダナンが格納されている「メリダ島」もたくさんのミサイル、アームスレイブによって攻撃される。 一方、日本の宗介、かなめにも魔の手が追っていた！！ 再び、宗介、かなめ、テッサたちに試練が訪れる！！！

若き「超人主義者」たちを巻きこんだ新宿騒乱。暴走する破壊活動を起こした爾朗は、超人課を離脱して孤高の旅路へと出奔した。 世界大戦終結から四半世紀――神化45年を境界として、何もかもが激変する。日本という国家の性質、超人たちに対する態度、 冷戦構造を前提に緊迫する国際情勢、内政や商業活動に大きく干渉してくるアメリカ。 もはや神化40年代前半の高揚した時期に戻ることはできないのだ。 　そして「超人」は、もはや特殊能力を悪事に使うアウトロー集団か、それを権力のもと弾圧する国家機関に配属された超人かで二分されるようになった。 そこに「超人」の自由はないのか。国家に隷属する以外の行動の選択はないのか。 　幾重にも折り重なった人の思惑、交錯する社会的立場と地位の中、アウトローとなった人吉爾朗にとって、 「超人を護りたい」という行動原理の遂行は、より苦難に充ち、孤高の道となっていく。 　流れの中心には、爾朗自身に隠された秘密があるのだが、まだ彼はそれを知らない。 　第１シーズンでモザイクのように散りばめられた無数の要素が、新たに語られる超人や秘匿されてきた歴史の真実と化合してスパークを放つ。 「もうひとつの日本」で展開する多彩な超人たちの饗宴は、いまクライマックスへと高まる！