「狂気のマッドサイエンティスト」を自称し、いまだ厨二病をひきずる大学生・岡部倫太郎。彼とその仲間たちは偶然、過去へと送信できるメール「Dメール」を発明してしまう。それが引き起こすのは、何度過去改変（世界線の移動）をしても訪れる、仲間の死という残酷な未来だった…。絶望に打ちひしがれる岡部に差すひとすじの光、それは誰も死ぬことのない未来、「シュタインズ･ゲート」と呼ばれる世界線。時間軸を超えて絡まりあった謎を解き明かし、ついに「シュタインズ･ゲート」に辿り着いた岡部。しかしいくつもの世界線を超えた岡部の脳には、多大な“負荷”がかかり始めていた…。

武士というものがまだ存在していた江戸の世——。 百人斬りと呼ばれた【不死身】の男がいた。 その男の名は「万次」。 万次は、父母を殺され復讐を誓う少女「凜」と出会う。 凜は万次に、復讐の旅の用心棒になってくれないかと言う。 初めは断る万次だが、凜に亡くした妹の面影を見た。 一人では危うい凜の姿に、仕方なく手を貸すことに決める。 しかし凜の仇は、剣の道を極めんとする集団——逸刀流。 それは、不死身の万次すら追いつめる凄絶な死闘の始まりを 意味していた。

一撃必殺の技を武器に、鮮やかに敵を倒す女 剣士アルカ。 旅をするアルカの目的は、師匠ホンを殺され たことへの「掟による復讐」だ。 仇は、謎の力「濁気」を操る女、ジン・ヴァ レル。 ジンは感情を見せず冷酷無比に人の命を奪う 魔物のような存在だが、アルカもまた暗殺集 団「剱一族」の者として、 感情を殺し「仕事」を完璧に遂行することに 特化して育てられており、2人は似た者同士 であった。 旅の中、3人の女傑と出会うアルカ。 歌舞と武術の達人カレン、酒好きで銃マニア のハズキ、盗賊団の女頭領ロアナ。 この3人と奇妙な縁で結ばれながら、行く 先々で人々と出会い別れるうちに、ホンが遺 した教えを思い出していくアルカ。 ホンは、ある運命を背負って生を受けたアル カに力の使い方を教える立場でありながら、 同時にアルカに一族の掟から解放されて欲し いと願っていた。 徐々にホンの教えの意味を悟っていくアル カ。アルカの中で、何かが変わり始めていく。

「最初のお前」を騙せ。世界を、騙せ。