夜の墓場で「小山田まん太」が出会った少年、「麻倉葉」。 森羅学園に転校生としてやって来た彼は「あの世とこの世を結ぶ者」すなわち「シャーマン」だった。 600年前のサムライの霊「阿弥陀丸」と運命的な出会いを通して「麻倉葉」は「シャーマンの王：シャーマンキング」になるための資質を開花させていく。 そして宿命のライバル「道蓮」をはじめ、「世を浄化するシャーマンの王」を目指す様々なライバルたちの登場。 巨大な2つの彗星が夜空を駆け、世界中のシャーマン達にシャーマンキングの座を巡る闘いの始まりを告げる。 　そして今、運命の歯車が回りはじめる。

母親の死をきっかけに、両親の故郷に引っ越してきた小学5年生の宮ノ下（みやのした）さつきと、弟で1年生の敬一郎（けいいちろう）は両親も通ったという「天の川小学校」に転入することになった。 転入初日、名高い心霊スポットで今は使われていない旧校舎に、ふとしたきっかけで足を踏み入れてしまったさつきたちは、そこで母親の日記を発見する。それには昔、母親が「霊眠（成仏させ封じ込める事）」させた幽霊や妖怪のことが記されていた。だが、それらを封じ込めていた裏山の大杉の木が開発のため切り倒されてしまった！ さつきたちは、解放され人間を襲い始めた妖怪たちをこの「オバケ日記」を元に再び霊眠させなければならなくなったが…。

どこにでもいるごく普通のデジモン大好き少年だったタカト。 そんなタカトが見つけた青いカードは、カードリーダーを本物のデジヴァイスに変える不思議な力を秘めていた。 画面に映るデジモンのタマゴ・デジタマをドキドキしながら見守るタカト。 しかし次の日の朝、タカトが見たものはすでに割れてしまった空っぽのデジタマだった。 それでもデジモンの誕生を信じ、生まれたはずのデジモンを自分から探しに行くタカト。 そしてタカトは、空から降りてきた光の下で夢見ていた本物のデジモンに出会う！ タカトの想像したとおりの姿で生まれてきたタカトだけのデジモン『ギルモン』に。 「僕が、僕が考えたんだよ、君は……」 ギルモンと出会えたことに素直な喜びを感じ、失敗したり落ち込んだりしながらも一生懸命ギルモンの世話を続けるタカト。 好奇心いっぱいの行動でときにはまわりを驚かせながらも、無邪気にタカトを慕うギルモン。 そんな２人の二人三脚の冒険は今やっと始まったばかり。はたしてこれから２人をどんな事件が待ちうけているのだろうか……！？

蔵の中に眠っていた古い碁盤。小学生の進藤ヒカルが盤上に残る血のようなしみに気付いた時、何者 かがヒカルに語りかけてきた。 『私の声が聞こえるのですか?』 声の主は平安時代の天才棋士、藤原佐為（ふじわらのさい）。碁盤に宿っていた佐為の霊が突然、ヒ カルの意識に入りこんできた！ はじめは囲碁に興味が無かったヒカルだが、佐為の囲碁への情熱と同い年の天才・塔矢アキラの存在 に、しだいに囲碁の面白さにひかれていく。