主人公・宮代拓留の逮捕という衝撃の結末を迎えた『CHAOS;CHILD』。だが、ひとり現実という「舞台」に残された尾上世莉架は、いかなる運命を辿るのか。「彼」と「彼女」の「その後」を紡ぐ最終章が、ここに幕を開く。

嘘と実の狭間で、歪んだ妄想が揺らめく。 2015年、渋谷。6年前に起きた大災害、渋谷地震から復興した街に新設された私立高校『碧朋学園』（へきほうがくえん）に通う少年、宮代拓留は、自身が設立した新聞部の活動の一環として『ニュージェネレーションの狂気の再来』と称される連続殺人事件を追っていた…。