あの日のあなたが此処にいる。青春よりも純粋で、純愛よりも残酷なひと夏の思春期グラフィティ。幼少期に母親と死別して以来、心に傷を負った少年 弘瀬琢磨。療養の為、亡き母の郷里に転校してきた彼は、そこで三人の少女に出会う。光が死んだあの夏。僕らは限りなく透明な少女たちに出遭った。

西暦20XX年 突如現れた謎の生命体（フェロウ） その凄まじい攻撃に、人類は苦戦を強いられ ていた。 しかし人類最後の希望、搭乗型フェロウ殲滅 兵器「エクスメイデン」が、今動き出す。