新たな劇場版シリーズの第4部であり、完結編。ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

彼らは夢を見る。 いつの日か大空へはばたく夢を。 ガラスによって遮られたその空が、どれだけ遠いものだと知っていても。 遠い未来。 人類は荒廃した大地に、移動要塞都市“プランテーション”を建設し文明を謳歌していた。 その中に作られたパイロット居住施設“ミストルティン”、通称“鳥かご”。 コドモたちは、そこで暮らしている。 外の世界を知らず。 自由な空を知らず。 教えられた使命は、ただ、戦うことだけだった。 敵は、すべてが謎に包まれた巨大生命体“叫竜”。 まだ見ぬ敵に立ち向かうため、コドモたちは“フランクス”と呼ばれるロボットを駆る。 それに乗ることが、自らの存在を証明するのだと信じて。 かつて神童と呼ばれた少年がいた。 コードナンバーは０１６。名をヒロ。 けれど今は落ちこぼれ。 必要とされない存在。 フランクスに乗れなければ、居ないのと同じだというのに。 そんなヒロの前に、ある日、ゼロツーと呼ばれる謎の少女が現れる。 彼女の額からは、艶めかしい二本のツノが生えていた。 「――見つけたよ、ボクのダーリン」