東京西部に位置する巨大な『学園都市』。 総人口230万人を数え、その約８割を学生が占めるこの都市では、超能力開発のための特殊なカリキュラムが実施され、学生たちの能力は『無能力（レベル０）』から『超能力（レベル５）』までの六段階で評価されていた。 とある高校生・上条当麻も、学園都市に住む学生のひとり。 彼は自分の右手に宿る力――異能の力なら神の加護すら打ち消す『幻想殺し』のため、落第寸前の『無能力』の評価を受け、不幸まっしぐらの人生を送っていた。 そんな上条の学生生活は、夏休みのはじめに空から降ってきた純白のシスターによって、大きく変わってしまう。 「魔術」の世界から逃げてきたという彼女――『禁書目録』との出会いに始まって、さまざまな事件に巻き込まれていく上条。 学園都市を統べる「科学」サイド、インデックスに連なる「魔術」サイド双方の事件を綱渡りで解決していくうちに、少しずつ人の輪を広げていくことに。そして、ついには魔術サイド、十字教最大宗派のローマ正教が、上条の存在に目を向けることになってしまう……。 魔術サイドに呼応するように、科学サイドたる学園都市も動きだす。しかし、にわかに対立を見せ始めた世界の動きに抗うように、立ち上がる者たちがいた。 上条とかかわったことで、大きく運命を変えた『ヒーロー』たち。 彼らもまた、身を挺して世界と対峙する。上条当麻がそうしてきたように。 科学と魔術が三度交わるとき、物語は大きく動き出す！！

舞台は総人口230万人弱、東京西部の大部分 を占める巨大な都市。 その人口の約8割が学生ということから、 『学園都市』と呼ばれていた。 学園都市の生徒達は、超能力を発現させるた めの特殊なカリキュラムが組まれていて、 その能力によって、『無能力』(レベル0)か ら『超能力』(レベル5)までの6段階で査定さ れていた。 主人公・上条東麻(かみじょうとま)は、学園 都市の高校生だが、その評価は落第寸前の無 能力(レベル0)。 なぜなら彼の右手には”異能の力ならなんで も打ち消す”『幻想殺し』(イマジンブレイ カー)と呼ばれる能力が宿っていたからだ。 夏休みに入ったばかりの比、彼の部屋に純白 の修道服のシスターがいきなり空から降って きた。その少女はこう言った。 自分は”魔術”の世界から逃げてきた――と。 自らを『禁書目録』(インデックス)と名乗る 彼女を追って、”魔術師”が現れる。 ”魔術師”の狙いは、インデックスの頭の中に あるという”10万3000冊”の”魔術書”だという。 いやおうなく巻き込まれた戦いの中で、イン デックスにかけられていた魔術をその右手で 破壊し、その悲しい運命から解き放つことと 引き換えに、自分の記憶を失ってしまう。 記憶を失っていることを知られないように 日々を過ごす東麻だったが、その身に次々と 事件が降りかかる。 学園都市の超能力者第3位に位置する”エレク トロマスター”の御坂美琴を、その直面して いた悲劇から救い出すために、学園都市第1位の ”一方通行”(アクセラレーター)を倒すことに なったり、世界規模で発生した大魔術”エン ゼルフォール”を食い止めることになった り、”科学サイド”と”魔術サイド”の対決を画 策する魔術師と対決することになるなど、科 学と魔術の両方世界をまたいでその右手を 使って事件を解決していく。 そして2学期が始まってすぐのある日、新た なる、そしてさらなる大きな事件に東麻は巻 き込まれる。 ―”科学”と”魔術”が再び交差するとき、物語 は始まる。―