かつて滅びた死者の街―― 人里離れたこの地に一人の生きた子供、ウィルがいた。 少年を育てるのは三人の不死者（アンデッド）。 豪快な骸骨の剣士のブラッド。淑やかな神官ミイラのマリー。偏屈な魔法使いの幽霊のガス。 彼ら三人に教えを受け、愛を注がれ少年は育てられる。 そしていつしか少年は一つの疑念を抱く。 「……この『僕』って、何者なんだ？」 ウィルにより解き明かされる最果ての街に秘められた不死者（アンデッド）たちの抱える謎。 善なる神々の愛と慈悲。 悪なる神々の偏執と狂気。 ――その全てを知る時、少年は聖騎士（パラディン）への道を歩みだす。

箱の中身は♡ なっにかしらぁ♡ 私立若葉女子高の教室、マテリア先生が轟雷たちに突如はじめた『箱の中身はなんだろなクイズ』。 この世界はいったい？！ これは、フレームアームズ・ガールたちと思い出をふりかえる物語。 シリーズ累計出荷数150万個以上突破の大ヒットプラモデルを原作として、2017年4月に放送・配信されたTVアニメが、新規映像を携え、満を持して劇場上映決定！ 女子高校生あおの元に届けられた謎の小包には、フレームアームズ・ガールと呼ばれる完全自律型の小型ロボット『轟雷』が入っていた。轟雷は人工自我、AS（アーティフィシャル・セルフ）を搭載した最新型の試作機。バトルデータを収集し、感情を学んでいく轟雷とあおの、奇妙で楽しい日常が始まる！

主人公「阿佐ヶ谷未乃愛（あさがや みのあ）」は私立咲鐘湖学園高等部の新一年生。入学早々、同級生の「上井草有栖」に誘われアニメ研究部に入部することになってしまった。アニメの知識はほとんど無かったが、同級生の「高円寺美子」やちょっと変だけどやさしい先輩達に囲まれだんだんアニメが好きになっていく。しかし、入部初日に封鎖されているドアを開けてしまったために、未乃愛の身に次々を不思議な出来事が起こるのだった。そして何故か学校から廃部命令を受けるアニメ研究部。 何とか廃部を阻止しようと部員全員で奔走するうちに、未乃愛たちは学園に、そして自分たちの周りに大変な事件が起きていることを知ってしまうのだった。

ある日の早朝、普通の女子高校生あおの元に届けられた謎の小包。 開けるとそこにはフレームアームズ・ガールと呼ばれる完全自律型の小型ロボット『轟雷』が入っていた。 おもちゃだ！プラモデルだ！ しかし轟雷はただのフレームアームズ・ガールではなかった。 通常の人工知能以上に高度な、人格を有する人工自我、AS（アーティフィシャル・セルフ）を搭載した最新型の試作機だったのだ。 しかも轟雷を起動できたのは世界中であおたった一人。 バトルデータを収集し、感情を学んでいく「フレームアームズ・ガール・轟雷」。 フレームアームズ・ガールの知識０(ゼロ)の「少女・あお」。 かくして、あおと轟雷、少女とフレームアームズ・ガールの奇妙で楽しい、きゃっきゃうふふな日常がスタートする！

度重なる増築により迷路のように入り組んだ 私立誠教学園。 中等部一年の新谷貞一（にいや ていいち） はある日、旧校舎で迷い偶然たどりついた部 屋で、不思議な雰囲気を纏う少女・庚夕子 （かのえ ゆうこ）と出会う。 彼女は自分を“旧校舎の幽霊”だと言う。 自分の過去を思い出せない夕子の為、貞一と 夕子は「怪異調査部」を立ち上げ、この学園 で語り継がれる数々の怪異を解き明かしていく。