主人公・切札勝（ジョー）は絵を描くこととデュエマが好きな小学4年生。 クリーチャーを生み出す能力を持つ“しゃべるデッキケース”ことデッキーと 相棒「ジョーカーズ」を生み出し、ライバル達とのデュエルに挑む！ ある日、「水文明」のマスター候補・キャップと出会ったジョーは新たな力「超ガチャレンジゾーン」を教わる。キャップは、闇文明に浸食され滅びようとしている水文明を救う為に、 ジョーに協力を頼むのだった。そんな中、なぜか敵であるゼーロの元にもキャップの姿が・・・。そして、ゼーロにも「超ガチャレンジゾーン」を伝授しパワーアップさせるのだった。果たしてキャップの真の目的とはいったい！？ そして、ついに文明の未来を賭けたジョーVSゼーロの戦いが幕を開ける！！

新たなる伝説が始まる！デュエル・マスターズ！ 新主人公の名は、切札勝（ジョー）！！ そしてジョーのもとにあらわれた、謎のデッキケース・デッキー！ ジョーが描いたクリーチャーの絵を見たデッキーは、 ジョーの『デュエルマスター』としての秘めた力を見出し、自らの能力でジョーの絵に命を吹き込んだ・・・！ そうして生まれたクリーチャーたちは『ジョーカーズ』と名づけられ、 ジョーの頼もしき仲間として共にライバル、強敵とのデュエマを闘う！！ ジョーはどんな『ジョーカーズ』を生み出すのか・・・？ そして、『デュエルマスター』とは一体・・・！？ 「デュエル・マスターズ」シリーズの新章がついに開幕！

史上最高にハゲしくアツかりしカードバトル、デュエル・マスターズ！デュエマ！ 激闘に次ぐ激闘の末、ついにデュエマ甲子園王者となった切札勝太！ そんな勝太の住む八尾町に突如現れた、日本最大のテーマパーク『デュエマーランド』っ！！ とてつもなく楽しかりしアトラクションやイベントの数々に、勝太たちもすっかり夢中。 しかし！デュエマーランドのマスコット「デュエマウス」に出会ったことをきっかけに、 勝太たちはデュエマーランドのとんでもない陰謀に巻き込まれることにっ！！ デュエマを侵略する恐ろしき影っ！暗躍する凶悪デュエリスト！そして明かされる伝説のカードの正体とはっ！？ 勝太の闘いは新しかりしステージへっ！ デュエル・マスターズにドッカーンと革命が起きるっ！！！

史上最高にハゲしくアツかりしカードバトル、デュエル・マスターズ！デュエマ！ かつて壮絶なデュエマが繰り広げられた八尾町は、デュエマの聖地と呼ばれていた！ しかし、闘いが危険すぎたためデュエマ禁止令が施行されはや２年…ついに、解禁の時！ かつて最強と謳われたデュエリスト・切札勝太は中学２年生！今やカレーパンバカと化した勝太はなんとデュエマに興味なし。 しかし、カレーパンの匂いに釣られて向かったで見たものとは！新章解禁、燃えろ熱血デュエ魂！