魔法が技術として確立され、約一世紀が過ぎた二〇九五年四月。 魔法師を育成する国立魔法大学付属第一高校、 通称“魔法科高校”に二人の兄妹が入学した。 一人は魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。 もう一人は完全無欠の魔法師として讃えられる優等生の妹・深雪。 時に恋人同士と間違われるほど仲睦まじい二人だが、 ほんの数年前までは、まるで女主人と使用人のように冷え切った関係だった。 その関係が変わった背景には、ある出来事があった。 三年前の沖縄。 深雪にとって忘れられない出来事によって、二人の心と、その運命が大きく変わっていく。 シリーズ累計2200万部を突破したスクールマギクスの始まりの物語《追憶編》が幕を開ける。

東京のど真ん中で路頭に迷っていたタカオ（柄本佑）が出会ったのは、宿ナシ無一文ながら食の天才の銀座のヤスこと“ヤッさん”（伊原剛志）。築地市場の仲買人から高級ホテルの料理長まで、行く先々で声が掛かり食のアドバイスを送るヤッさん。タカオは、皆から一目置かれ、確かな舌と食の知識、そして矜恃を持つヤッさんに弟子入りを懇願。そんな訳で、ヤッさんとタカオの凸凹コンビによる最高に旨いグルメ生活が始まった！  しかし、その裏には食業界で暗躍する食べ物への愛情のない食のハイエナたちが…。蕎麦好き女子高生・ミサキ（山本舞香）やヤッさんの昔なじみの韓国料理店の女主人・オモニ（板谷由夏）、そしてヤッさんの過去を知る蕎麦屋店主・橋田（里見浩太朗）らを巻き込みながら、今日も悪を懲らしめるべくヤッさんが一肌脱ぐ！

「こんなに早起きするなんて、まーた好きな男ができたな？」 超なまいきな妹ぽっぷのツッコミにぐうの音も出ないまま学校へと向かう春風どれみ。魔法に憧れる自称「世界一不幸な美少女」！ ・・・「結局好きな先輩に告白できなかった・・・魔法が使えれば・・・」しょげかえったどれみがとぼとぼと知らず知らずの内に足を向けたのは、 「マキハタヤマリカの魔法堂」という変わったお店。そこでどれみは、いかにも魔女、というような格好をしているその店の女主人マジョリカの正体を 「もしかして・・・魔女？」と見破ってしまう。 するとなんと、マジョリカは奇妙な魔女ガエルの姿になってしまった！魔女ガエルになってしまったマジョリカは、どれみに責任を取ってお前も魔女になれとせまる。魔女ガエルになった魔法使いは、正体を見破った者の魔法でしか元の姿に戻れないのだ。 ・・・ひょんなことから魔女見習いになった３人の少女、どれみ、はづき、あいこ。学校と「ＭＡＨＯ堂」というお店を舞台に、３人が一人前の魔女になるためのマジカルでミラクルな修行の毎日が続く・・・。