エウレカが作り上げたスカブコーラル（珊瑚状の情報生命体）の中の仮想世界。 　その崩壊とともに、仮想世界の人々がこの地球に姿を現して10年が経過した。この“大融合”の結果、仮想世界の人類は「グリーンアース」を、旧来の地球人類は「ブルーアース」を名乗り、水面下でさまざまな衝突を繰り返すことになった。そしてグリーンアース軍の高官デューイ・ノヴァクは、自分たちの尊厳を守るため、仲間とともに決起し、大規模なテロ計画をついに実行へと移す。 　混乱の元凶として世界中から憎まれるエウレカは、国連の立師団無任所部隊A.C.I.D.（アシッド）の上級戦闘員となっていた。この世界を平和に保つために生きる。それがエウレカの選んだ贖罪の道だった。そんなエウレカに、スカブコーラルを操る能力を持つ新たな“EUREKA”、少女アイリスを保護する命令が下る。最初は対立するばかりだった2人は、孤独な逃避行を通じて、次第に互いのことを理解していく。そして世界が危機に直面した時、エウレカは極限まで自らの力を振り絞って戦う。「アイリスとこの世界を守りたい」。エウレカの願いの果てに待つ未来とは――

　まだ幼かったあの日。父、ケン は幼いアネモネを残して戦いに赴き、そして帰ってこなかった。ちゃんとお別れを言うことができなかったアネモネの小さな胸に深く残る後悔。 　７年が経過した。アネモネは父が散った戦場――東京にいた。人類の敵、７番目のエウレカ＝エウレカセブンと戦うための組織・アシッドの一員として、アネモネには人類の希望が託されていた。そして、アネモネはエウレカセブンの中へとその精神を送り込む。 　アネモネがエウレカセブンの中で出会ったのは、ドミニクという青年と、エウレカという青緑の髪をした少女。この出会いは何を意味するのか。そして、見え隠れするレントンという名の少年の姿。 　アシッドに囚われていた謎の男・デューイは予言する。 「お前たちが見ているエウレカセブンはエウレカセブンではない。偽りの神が創っては破棄した無数の不要な世界。いわばゴミの山だ」 　アネモネとエウレカが出会った時、全ての真実が明らかとなり、新たな世界の扉が開く――。

地球上を覆う情報生命体・スカブコーラルと人類の戦いが巻き起こした世界の危機――サマー・オブ・ラブ。その危機から世界を救ったのは、アドロック・サーストンだった。英雄と讃えられるようになるアドロック。だが、その真相を知るものは、最前線で戦ったごく一握りの人間だけだった。 　そして10年の時が流れた。 　アドロックの残された息子レントンは、ビームス夫妻の養子となり、地方都市ベルフォレストで暮らしていた。14歳になり、鬱屈とした日々を送っていたレントンに運命の転機がやってくる。そして、家を飛び出すレントン。そこからレントンは様々な人との出会い、別れを経験する。 　レントンが出会ったひとりは、ファシリティ・ガード隊長のホランド・ノヴァク。一時、ホランド率いるファシリティ・ガードに身を寄せていたレントンだが、結局わずかな時間でそこからも飛び出してしまった。 　レントンが出会ったもうひとりは、少数宗教ヴォダラクの少女。死に瀕した彼女を救うため、レントンは、再会したビームス夫妻の心配をよそに、奔走する。 　人々との出会いと別れは、レントンに大事なことを気づかせる。自分はなぜ、家出をしたのか。自分はなぜ今、この道を走っているのか。

ユーモラスで辛辣な姉・白井ちはる（黒木華）と、姉に翻弄されるが素直に話を聞いてくれる弟・白井順平（杉野遥亮）は、両親不在のつかの間、二人暮らしをしている。 仕事を終え帰宅した部屋で、お酒を飲み、それぞれ好きなものを食べながら、恋・仕事・趣味・人生にまつわる会話を繰り広げる。姉弟だからこそのぶっちゃけトークで炸裂する“姉ちゃんの本音“は、一見ひねくれていて意地悪なように聞こえるが、実はしごく真っ当で、順平は妙に納得してしまう。

天才ゆえに孤独な中学生・高嶺清麿。 彼のもとに突然、不思議な子供が飛び込んできた。 名前はガッシュ、魔界から送られてきたという。 ガッシュは世界中に送り込まれた百人の魔物の子の一人。 パートナーと共に戦い合って、最後に残った一人が魔界の王様になれるというのだ。 王位を目指すガッシュは、清麿が手にした魔本の言葉を受け、襲いかかるライバルたちと激しいバトルを繰り広げてゆく。喜び、哀しみ、そしてかけがえのない絆…闘いの中で、やさしい王様になることを決意するガッシュ。心を閉ざしていた清麿も、ガッシュのピュアな気持ちに触れ、様々な経験を積みながら精神的成長を遂げてゆく。

若き「超人主義者」たちを巻きこんだ新宿騒乱。暴走する破壊活動を起こした爾朗は、超人課を離脱して孤高の旅路へと出奔した。 世界大戦終結から四半世紀――神化45年を境界として、何もかもが激変する。日本という国家の性質、超人たちに対する態度、 冷戦構造を前提に緊迫する国際情勢、内政や商業活動に大きく干渉してくるアメリカ。 もはや神化40年代前半の高揚した時期に戻ることはできないのだ。 　そして「超人」は、もはや特殊能力を悪事に使うアウトロー集団か、それを権力のもと弾圧する国家機関に配属された超人かで二分されるようになった。 そこに「超人」の自由はないのか。国家に隷属する以外の行動の選択はないのか。 　幾重にも折り重なった人の思惑、交錯する社会的立場と地位の中、アウトローとなった人吉爾朗にとって、 「超人を護りたい」という行動原理の遂行は、より苦難に充ち、孤高の道となっていく。 　流れの中心には、爾朗自身に隠された秘密があるのだが、まだ彼はそれを知らない。 　第１シーズンでモザイクのように散りばめられた無数の要素が、新たに語られる超人や秘匿されてきた歴史の真実と化合してスパークを放つ。 「もうひとつの日本」で展開する多彩な超人たちの饗宴は、いまクライマックスへと高まる！

「黄金の種族」の呼びかけに各種族は応え、宇宙への進出を果たした。最後に進出を果たした人類は「鉄の種族」と呼ばれた。その後、遥かな時が流れた時代、人類はより強大な種族である「銀の種族」らの脅威にさらされ、存亡の危機を迎えた。王女ディアネイラは人類存続をかけ、王家に代々伝わる「黄金の種族」からの予言をもとに、遥かなる銀河へ旅立つ。 そして、一人の少年と出会った。少年の名はエイジ。王女と少年の出会いが宇宙に大きな運命の変転をもたらしてゆく・・・