襲い来るエルザたちの猛攻を退け、大兎との戦いでベアトリスとの契約を果たした「聖域」の解放から1年が過ぎた。 王選に臨むエミリア陣営は一致団結、充実した日々を送っていたナツキ・スバルだったが、平穏は使者によって届けられた一枚の書状によって終わりを告げる。 それは王選候補者の一人、アナスタシアがエミリアへ宛てたルグニカの五大都市に数えられる水門都市プリステラへの招待状だった。 招待を受け、プリステラへ向かうスバルたち一行を待っていたのは様々な再会。 一つは意外な、一つは意図せぬ、そして一つは来るべき。水面下で蠢く悪意の胎動と降りかかる未曾有の危機。 少年は再び過酷な運命に立ち向かう。

近未来の地球―― 人類は「ヒュージ」と呼ばれる謎の生命体の出現で破滅の危機に瀕していた。 全世界が対ヒュージという一事に団結し、 科学と魔法の力を結集した決戦兵器「CHARM（チャーム）」の開発に成功、 その使用者となる少女たち「リリィ」を養成する機関「ガーデン」を各地に設立した。 ガーデンの中でも名門と名高い百合ヶ丘女学院に 補欠ながらも合格を果たした一柳梨璃は、 人類存続のために戦うリリィとしての一歩を踏み出す。 かつて、自身の窮地を救ってくれた白井夢結を追ってこの学園を受験した梨璃は 登校初日に邂逅を果たすも、以前の夢結とはどこか違っていて…… 儚くも美しく戦う、少女たちの物語が花開く──。

アメリカ、ワシントン州のとある町。普段通りの朝をむかえるはずだった住民達は、突如外国のパラシュート部隊が空から降ってくるという非現実的な光景を目の当たりにする。戦闘機 が空を覆い、装甲車が道を塞ぐ。突然の出来事に成す術もなく、ほどなくして町は敵の手に落ちてしまう。抵抗する人々は殺され、それ以外は捕虜として収容されていく。そんな中、敵 の手から逃れた若者たちがいた。次第に状況を把握していく彼らが見たものは、アメリカ全土が北朝鮮に占領されたというショッキングな現実だった。まだ若い彼らは戸惑いながらも、 森に身を隠し、訓練を積み、敵を偵察し、団結し立ち上がる決意をする。自らを“ウルヴァリンズ”と名乗り、愛する家族や恋人、友人を守る為、そして祖国と自由を取り戻す為にレジス タンスとして反撃を開始するのだが―。