物語の幕開けは、アメストリスの首都・セントラルにある中央刑務所。刑期終了を間近に控えたひとりの囚人が、この刑務所から脱獄を果たした。その男――メルビン・ボイジャーが操る強力な錬金術に興味を惹かれたエドワードと弟のアルフォンスは、男の跡を追ってアメストリスの西、大国・クレタとの国境を目指すことになる。 彼らがたどり着いた先は、巨大な崖に周りを囲まれた街・テーブルシティ。かつて「ミロス」と呼ばれていたこの地で、ふたりはジュリアという一人の少女に出会う。少女の言葉に導かれ、エドたちはこの地に隠された、血塗られた歴史を知ることになるのだった……。