シャロ、ネロ、エリー、コーデリアの４人は、トイズと抜群のチームワークで数多くの事件を解決してきた「ホームズ探偵学院」の人気者。彼女たち「ミルキィホームズ」は学生だけでなく偵都ヨコハマの市民たちからも憧れの的だった。だが、ある嵐の夜、宿敵「怪盗帝国」とのバトルの最中に「ミルキィホームズ」の4人はそれぞれのトイズを失い、その運命は激変してしまう・・・。