西暦2019年、改元を目前とした日本。 その上空に突如現出した異次元の裂け目。 そこには天地逆転した異世界「真国日本」があった。 かつての軍国主義を維持したまま、永世昭和の世を続ける並行世界は、 現行兵器を無効にするガス兵器「幻霧」と 巨大人型兵器「伽藍」を駆使し、私たちの日本を軍事的侵略。 瞬時に政府を掌握し、事実上の征服を果たす。 我らに「令和」という時代は訪れなかった......。 ―――それから十年後。真国の属国として生まれ変わった幻国・日本。 厳しい検閲の中、かつて隆盛を誇ったマンガ、アニメ、アイドル等の サブカル文化は完全に死に絶えた......かに見えた。 しかし、Otaku is not dead! サブカル文化を守るため真国に真っ向から抗う集団が存在した。 その名も秘密結社「アラハバキ」。 そして主力兵器「ガランドール」と、その動力源となり戦う少女たち。 人は彼女たちを称してこう呼んだ… 電池少女と…。

またたく間にアイドルランキングを駆け上がった長瀬麻奈が所属する星見プロダクション。 数年後、星見プロはオーディションを開催。 麻奈を姉に持つ長瀬琴乃と麻奈そっくりの歌声を持つ川咲さくらのふたりをはじめ集まった10人は、寮での共同生活を始める。 麻奈を超えんとするTRINITYAiLEや麻奈に並々ならぬライバル心を抱くLizNoirが彼女たちの前に立ちふさがり、プライドを胸に競い合う。

進学率・就職率１００％と言われる進学校・東京都高度育成高等学校に入学した綾小路清隆。 しかし彼が所属する１年Ｄクラスは、進学校とは思えないような問題児ばかりだった。 さらに学校は、生徒に現金と同価値のポイントを月１０万円分も与え、授業に関しては私語・居眠り・サボタージュをも黙認する放任主義。 自堕落な生活を送る生徒たちだったが、違和感を抱く者もいた——他人との交流を徹底的に避け、孤独を貫く美少女・堀北鈴音だ。 彼女は、生徒に大金が与えられているはずなのに、校内に『お金を持たない者への救済』が多く用意されていることに気づく。 やがて１ヶ月後、綾小路、堀北、Ｄクラスの面々は学校のシステムの真実を知る……。

あらすじ あらゆる分野の超一流の高校生を集め、育て上げるために設立された、政府公認の特権的な学園「私立希望ヶ峰学園」。この学園を卒業できれば、人生において成功したも同然とまで言われている。 そんな希望ヶ峰学園には、超高校級の才能が集まる「本科」と、普通の高校となんら変わらない「予備学科」が存在していた。 本科に入学するためにはふたつの方法があった。一つは才能を認められ、学園にスカウトされる方法。このスカウトによって、機械に強くさまざまなものを作り上げる「超高校級のメカニック」や、超人気ガールズバンドでギターを担当していた「超高校級の軽音楽部」などが入学している。 もうひとつは、全国の平凡な学生のうちから抽選で選ばれ入学する方法。この抽選で選ばれた学生は「超高校級の幸運」と呼ばれ、ある種特別枠として入学するのだ。 才能あふれる超高校級の生徒たちには普通のテストが存在せず、授業に出席しなくとも学園から咎められることはない。普通の高校生活とはかけ離れたものではあったが、それでも一度きりの高校生活を満喫し、輝かしい希望となるべく才能を伸ばしていた。 一方、「予備学科」は高い入学金を払えば誰でも入学できる場所だった。学園は一般の生徒にも門を開き、 学園のカリキュラムによって自身に眠った才能を目覚めさせ、才能が認められれば本科への編入も可能とうたっていたが、 入学してしまえば成功が約束されるという安心感からか、入学後は普通の高校のように年相応の青春を謳歌する生徒が集まっていた。 ただひとり、平凡な未来に絶望し、才能を希望した「日向創」を除いて。 これは、絶望で終わる、希望の物語である。

“超高校級の絶望”による『人類史上最大最悪の絶望的事件』によってかつて世界は崩壊までおいつめられた。そんな絶望に満ちた世界を救うべく、人類の希望ともいうべき組織 “未来機関”が結成される。 未来機関はあらゆる才能を集めた希望ヶ峰学園の卒業生を中心に構成された組織であり、同じく希望ヶ峰学園の生徒を中心に構成された“超高校級の絶望”と熾烈な戦いを繰り広げた。 事件の黒幕である真の“超高校級の絶望”江ノ島盾子の死によって戦いは一つの区切りを迎える。江ノ島の絶望を打ち破り“超高校級の希望”となった苗木誠をはじめ、霧切響子、朝日奈葵、十神白夜、葉隠康比呂、腐川冬子は、未来機関に所属することになった。 しかし、苗木は江ノ島によって“絶望”の思想を植え付けられ、“絶望の残党”となった77期生も救いたいという想いから、未来機関にとらえられていた彼らを“絶望”の思想を取り除く「希望更生プログラム」にかけ、解放してしまう。 独断で行動し、しかも“絶望の残党”を世界に放った苗木誠を処分すべきか否か、未来機関の面々は緊急会議を行うことになる。 絶望をふりまく因子がある存在・可能性は一切抹消すべきであるという急進派、暴力のみでの解決を否定し、新しい道を模索すべきであるという穏健派、どちらにも所属せず場を静観する中立派…会議は平行線をたどる一方であった。 そんな中、あたりに突如爆発音が響く。そして催眠ガスを吸わされる未来機関一同…目が覚めると、それまで会議を行っていた施設に彼らは監禁され、腕には謎のバングルがつけられていた。 眠る前と一変して異様な雰囲気に包まれた施設に、「うぷぷぷぷ」という “モノクマ”の声が響き渡る。モノクマを操る江ノ島盾子は死んだはずと混乱する苗木たち。 モノクマは、未来機関、そして苗木に対し「最後の戦いをしよう」とコロシアイゲームをもちかける。もう二度とコロシアイなどしない、そう反論する苗木だったが、モノクマは未来機関の中に「裏切り者がいる」と告げるのだった。 裏切り者は誰か、未来機関の望む希望は正しいものなのか、苗木たちは生き残り、真実にたどり着けるのか。希望が希望を殺す絶望の物語が始まる。