アスカのEVA改2号機とマリのEVA8号機は、静止衛星軌道上で“US作戦”を実行していた。円盤状のEVA Mark.04と激戦の末、初号機とシンジを奪いとるミッションだ。ようやく目ざめたシンジの前には、思いがけない知人らの姿があった。そこは14年の歳月がたっており、ミサトやリツコら元ネルフの職員は、新たなクルーを加えて反ネルフ組織“ヴィレ”を結成していた。戦艦AAAヴンダーを起動し、襲撃してきたEVA Mark.04の群れを退けた“ヴィレ”。初号機から復活できたのはシンジひとりで、綾波レイは発見されなかった。だがEVA Mark.09がシンジ奪還のため急襲をしかけ、レイの声を聞いたシンジはヴンダーから去って、ネルフ本部へと向かった。 　ゲンドウからEVA13号機に乗れと指示されるシンジ。謎めいた少年・渚カヲルに導かれ、変わり果てた大地の姿を見たシンジは、何が起きたのかを聞かされる。レイを救済したことをきっかけに“ニア・サードインパクト”が起き、地球に甚大な被害を与えていたのだった。重大な責任を感じて傷ついたシンジの心は、はたして救われるのだろうか。

TV版のもう一つの結末として描かれた劇場版完結編。TV版の第弐拾伍話と最終話のリメイク作にあたる2話で構成。第25話「Air」人為的なサードインパクトに失敗したゼーレはネルフに攻撃を仕掛けてきた。絶望的状況の中、母の存在、自己の存在を確認したアスカが復活、反撃を開始。しかし、天空より新たな敵が舞い降りてきた。第26話「まごころを、君に」初号機に搭乗したシンジの見たモノは、無惨な残骸となったアスカの弐号機だった。量産機が初号機を取り巻き、厳粛なる儀式を執り行う。ヒトの心の補完とは、一体何なのか。

突如世界を襲った未曾有の大災害“セカンド・インパクト”。この影響で人類の半数近くは死にいたり、世界の各地には大破壊の痕跡が刻みこまれた。やっと平穏な日々が戻ったと思われたとき――14 歳の少年・碇シンジは父親から第3新東京市へ呼び出されて、出迎えを待っていた。 その眼前の山あいから、巨大な生物が出現！ それは「使徒」と呼ばれる正体不明の存在で、たちまち国連軍と激しい交戦を開始した。爆風に巻きこまれ、危機に陥るシンジ。その生命を救ったのは、葛城ミサトと名乗る女性だった。 ミサトの車で特務機関NERV（ネルフ）の本部へと連れていかれ、シンジは父と3年ぶりの再会をはたした。だが、シンジは父の碇ゲンドウから極秘裏に開発された巨大な人型兵器を見せられ、使徒との戦いを強要された。それがシンジと人造人間エヴァンゲリオン初号機との出逢いであった。 反発を覚えたシンジではあったが、女性パイロット綾波レイの重傷を目のあたりにして、逃げることを否定し、ついに自ら出撃を決意する。何の訓練も受けないままに、初めて使徒と対峙するEVA 初号機のシンジ。 世界の命運を託された14 歳の少年シンジは、はたしてどう戦うのか？ そして、セカンド・インパクトに隠されたキーワード 「人類補完計画」の真実とは？ すべての謎の鍵を握る碇ゲンドウは、シンジの苦闘をじっと見つめている……。