ゲーム好きの高校生「武藤遊戯」が、ゲームショップを経営する祖父から古代エジプトより伝わる誰も説いたことがないという「千年パズル」をもらう。 苦労の末に、千年パズルを解いたことで目覚めた「闇の力」。 千年パズルが輝きだす時、闇に眠るもう一人の遊戯がが現れた！遊戯の中のもう一人の遊戯…。新たなデュエルが今、始まる！

千年パズルを完成させたことにより、≪闇遊戯≫という、もう１人の人格を呼び覚ました武藤遊戯。 海馬コーポレーションの社長にして決闘者(デュエリスト)の頂点に君臨する海馬瀬人や、仲間たちと数々の死闘を繰り広げたが、過去との因縁により、もう1人の自分との闘いを余儀なくされ、遊戯と闇遊戯はついに決別し、別々の道へ旅立つこととなった――。 そうして、闇遊戯との最後の決闘を終えて、日常を取り戻したかに見えた遊戯たち。 その前に現れた謎の少年≪藍神(あいがみ)≫。 そして、世界中で次々と起こる謎の失踪事件。 ただひたすら千年パズルを探し求める海馬。 すべてのピースが合わさるとき、再び決闘（デュエル）の幕が切って落とされる！

―逃げぬ心と見つけたり― 灯荒仁(ともしび あらじん)は、かつての親友浅観音真宝(あさみね またから)との再会をきっかけに 強者たちの戦いに巻き込まれていく…。 そんな中、巨大な魔人の影が現れ…？！ 監督・内海紘子、シリーズ構成・岸本卓、キャラクターデザイン・加々美高浩、 制作・MAPPAが送る、ヤンキー×千夜一夜物語！