パートナーである望月芽心がゲンナイの姿をした謎の男に傷つけられるのを見て、 メイクーモンは再び暴走をはじめる。 「お前は生まれてきてはいけなかった…」 現実世界へ消えたメイクーモンこそ、歪みそのもの。あまりに大きな力を持ち過ぎた、世界を壊す鍵― 西島大吾と望月博士のもとに現れたハックモンが、真相を明らかにしていく。 世界の調和を保とうとするホメオスタシス自身が、今や強大すぎる存在となったメイクーモンを危険とみなし、切り捨てようとしているのだと。 暴走するメイクーモンの出現により、現実世界崩壊へのカウントダウンがはじまる。 いたる所で次々と異変が発生。歪みを通して現れたデジモンたちは、その時が来るのを待ちうける― 選ばれし子どもたちは、変調をきたしたデジタルワールドから疎外され、現実世界に戻ってきてからも、 パートナーデジモンと共にいるがゆえに人々に追われる。一同が孤立無援となりながらも必死に打開策を探る中、ひとり思い悩み続ける芽心。 あまりにも大きな荷を負い、打ちひしがれる彼女には、仲間やデジモンたちの声も届かない… そして、過酷な運命は、誰よりも真っすぐで繊細な魂を持つ八神ヒカリのもとにも迫っていた― 今、再び　冒険が進化する―

再び訪れる、世界崩壊の危機。ある日、“魔王因子”を持つ魔王候補・春日アラタが、トリニティセブンの一人・浅見リリスの魔道書『ヘルメス外典』に何の気なしに触れた瞬間、眩い光に包まれ、目の前には謎の少女が姿をあらわす。 ｢リリム｣と名付けられ、アラタとリリスを親と慕う少女。 だが、少女の出現と同時に、世界に異変が。目覚める禁忌の“悠久図書館”。そこには、錬金術の究極の産物　人の手によって造られし“白き魔王”が封じられていた。 “白き魔王”は、真の魔王へ至るため、アラタとトリニティセブンたちの抹殺を企てる。 かつてない強大な力を持つ“白き魔王”を前に、世界の崩壊と、絶体絶命の危機がアラタたちを襲う。 アラタとトリニティセブンたちは、この世界を守れるのか？彼らの最後の戦いが今、始まる！